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- PDB-8fn8: Crystal structure of the C-terminal Fg domain of TNC with the sin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fn8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the C-terminal Fg domain of TNC with the single FN domain of PTPRZ | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / Complex / receptor protein tyrosine phosphatase / extracellular matrix / fibronectin type III / fibrinogen | ||||||
Function / homology | ![]() perineuronal net / perisynaptic extracellular matrix / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / cellular response to prostaglandin D stimulus / syndecan binding ...perineuronal net / perisynaptic extracellular matrix / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / tenascin complex / interstitial matrix / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / cellular response to prostaglandin D stimulus / syndecan binding / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of cell adhesion / regulation of myelination / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / Other interleukin signaling / neuromuscular junction development / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Signaling by ALK / oligodendrocyte differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / regulation of cell migration / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / axonogenesis / protein tyrosine phosphatase activity / central nervous system development / regulation of cell growth / morphogenesis of an epithelium / Post-translational protein phosphorylation / response to wounding / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / regulation of inflammatory response / response to ethanol / collagen-containing extracellular matrix / negative regulation of neuron apoptotic process / learning or memory / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / focal adhesion / synapse / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bouyain, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Protein-protein interactions between tenascin-R and RPTP zeta /phosphacan are critical to maintain the architecture of perineuronal nets. Authors: Sinha, A. / Kawakami, J. / Cole, K.S. / Ladutska, A. / Nguyen, M.Y. / Zalmai, M.S. / Holder, B.L. / Broerman, V.M. / Matthews, R.T. / Bouyain, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 118.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 833.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fn9C ![]() 8fnaC ![]() 8fnbC ![]() 1fnaS ![]() 2j3fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26383.326 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Fg domain (UNP residues 1975-2201) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 11914.256 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 310-411 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% w/v PEG3350, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→50 Å / Num. obs: 25470 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 20.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2506 / CC1/2: 0.949 / Rpim(I) all: 0.172 / Rrim(I) all: 0.384 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 2J3F & 1FNA Resolution: 1.89→40.88 Å / SU ML: 0.1506 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 18.9442 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→40.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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