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- PDB-8fk4: Structure of the catalytic domain of Streptococcus mutans GtfB co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fk4
タイトルStructure of the catalytic domain of Streptococcus mutans GtfB complexed to acarbose in orthorhombic space group P21212
要素Glucosyltransferase-I
キーワードTRANSFERASE / GtfB / GTF-I / insoluble 1 / 3-linked alpha glucans / biofilm / streptococcus mutans / glucansucrase
機能・相同性
機能・相同性情報


dextransucrase activity / dextransucrase / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glucan-binding repeat / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / Glucosyltransferase-I
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Schormann, N. / Deivanayagam, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: The catalytic domains of Streptococcus mutans glucosyltransferases: a structural analysis.
著者: Schormann, N. / Patel, M. / Thannickal, L. / Purushotham, S. / Wu, R. / Mieher, J.L. / Wu, H. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosyltransferase-I
B: Glucosyltransferase-I
C: Glucosyltransferase-I
D: Glucosyltransferase-I
E: Glucosyltransferase-I
F: Glucosyltransferase-I
G: Glucosyltransferase-I
H: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)789,50865
ポリマ－780,0848
非ポリマー9,42457
水905
1
A: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7739
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,2628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,86910
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,3589
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6768
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,1667
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6768
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,1667
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,86910
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,3589
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7739
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,2628
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5807
ポリマ－97,5101
非ポリマー1,0706
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Glucosyltransferase-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2924
ポリマ－97,5101
非ポリマー7823
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)299.312, 215.766, 219.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Glucosyltransferase-I / GTF-I / Dextransucrase / Sucrose 6-glucosyltransferase


分子量: 97510.484 Da / 分子数: 8 / 断片: catalytic domain (UNP residues 191-1051) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: gtfB, SMU_1004 / プラスミド: pET-23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08987, dextransucrase
#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris; the complex was obtained by co-crystallization with a 1:10 molar ratio of acarbose (final concentration 1-2 mM)
PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→49.44 Å / Num. obs: 222519 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 99.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10910 / CC1/2: 0.394 / CC star: 0.752 / Rpim(I) all: 0.972 / Χ2: 1.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→48.882 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 11040 4.97 %
Rwork0.2236 --
obs0.2252 222189 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52044 0 565 5 52614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54372912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1732089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.28690.4043420.37667015X-RAY DIFFRACTION100
3.2869-3.32560.36663480.3657032X-RAY DIFFRACTION100
3.3256-3.36610.35543820.35246950X-RAY DIFFRACTION100
3.3661-3.40870.38323810.34986961X-RAY DIFFRACTION100
3.4087-3.45360.38923930.33876950X-RAY DIFFRACTION100
3.4536-3.50090.34923640.32166964X-RAY DIFFRACTION100
3.5009-3.55090.34483700.31226994X-RAY DIFFRACTION100
3.5509-3.60390.32073740.29247016X-RAY DIFFRACTION100
3.6039-3.66020.30643820.28556987X-RAY DIFFRACTION100
3.6602-3.72010.34383790.28686998X-RAY DIFFRACTION100
3.7201-3.78430.32073650.28386964X-RAY DIFFRACTION100
3.7843-3.85310.30463760.26896985X-RAY DIFFRACTION100
3.8531-3.92710.29223940.25486997X-RAY DIFFRACTION100
3.9271-4.00730.26453410.24487058X-RAY DIFFRACTION100
4.0073-4.09430.2613460.22847008X-RAY DIFFRACTION100
4.0943-4.18950.25143640.22146976X-RAY DIFFRACTION100
4.1895-4.29430.25813410.22617055X-RAY DIFFRACTION100
4.2943-4.41030.26243700.21387040X-RAY DIFFRACTION100
4.4103-4.540.23623640.20656992X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.68640.2543670.20677064X-RAY DIFFRACTION100
4.6864-4.85380.24193780.20027014X-RAY DIFFRACTION100
4.8538-5.04790.23233770.19777077X-RAY DIFFRACTION100
5.0479-5.27740.22463540.19537033X-RAY DIFFRACTION100
5.2774-5.55530.22083280.19737130X-RAY DIFFRACTION100
5.5553-5.90280.25063920.2037070X-RAY DIFFRACTION100
5.9028-6.35760.20933690.19927098X-RAY DIFFRACTION100
6.3576-6.99580.22583830.19237126X-RAY DIFFRACTION100
6.9958-8.00420.21663600.17757127X-RAY DIFFRACTION100
8.0042-10.070.17124030.15527195X-RAY DIFFRACTION100
10.07-48.8820.21873530.19557273X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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