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万見
- PDB-8fho: Cryo-EM structure of human NCC (class 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fho
タイトルCryo-EM structure of human NCC (class 1)
要素Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / ear development / renal sodium ion absorption ...swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / Defective SLC12A3 causes Gitelman syndrome (GS) / sodium:chloride symporter activity / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / sodium ion homeostasis / ear development / renal sodium ion absorption / ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / chloride ion homeostasis / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / response to aldosterone / sodium ion transport / potassium ion import across plasma membrane / response to dietary excess / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiazide-sensitive Na-K-Cl co-transporter / Solute carrier family 12 member 1/2 / Solute carrier family 12 member 2 / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / SLC12A transporter family / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polythiazide / Solute carrier family 12 member 2 / Solute carrier family 12 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Zhang, J. / Fan, M. / Feng, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and thiazide inhibition mechanism of the human Na-Cl cotransporter.
著者: Minrui Fan / Jianxiu Zhang / Chien-Ling Lee / Jinru Zhang / Liang Feng /
要旨: The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause ...The sodium-chloride cotransporter (NCC) is critical for kidney physiology. The NCC has a major role in salt reabsorption in the distal convoluted tubule of the nephron, and mutations in the NCC cause the salt-wasting disease Gitelman syndrome. As a key player in salt handling, the NCC regulates blood pressure and is the target of thiazide diuretics, which have been widely prescribed as first-line medications to treat hypertension for more than 60 years. Here we determined the structures of human NCC alone and in complex with a commonly used thiazide diuretic using cryo-electron microscopy. These structures, together with functional studies, reveal major conformational states of the NCC and an intriguing regulatory mechanism. They also illuminate how thiazide diuretics specifically interact with the NCC and inhibit its transport function. Our results provide critical insights for understanding the Na-Cl cotransport mechanism of the NCC, and they establish a framework for future drug design and for interpreting disease-related mutations.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
B: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
C: Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,0579
ポリマ－361,1163
非ポリマー1,9406
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 12 member 2,Solute carrier family 12 member 3 chimera / Na-K-Cl cotransporter 1 / Na-Cl cotransporter / NCC / Na-Cl symporter / Thiazide-sensitive sodium- ...Na-K-Cl cotransporter 1 / Na-Cl cotransporter / NCC / Na-Cl symporter / Thiazide-sensitive sodium-chloride cotransporter


分子量: 120372.164 Da / 分子数: 3 / 変異: E240A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: slc12a2, nkcc1, SLC12A3, NCC, TSC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0G2KTI4, UniProt: P55017
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-XZF / Polythiazide / (3S)-6-chloro-2-methyl-1,1-dioxo-3-{[(2,2,2-trifluoroethyl)sulfanyl]methyl}-1,2,3,4-tetrahydro-1lambda~6~,2,4-benzothiadiazine-7-sulfonamide


分子量: 439.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13ClF3N3O4S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NCC-polythiazide complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Danio rerio (ゼブラフィッシュ)7955
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196165 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00813966
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7718998
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.9031876
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0512153
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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