PDB-8f9k: TMEM106B doublet filaments extracted from MSTD neurodegenerative ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f9k

タイトル

TMEM106B doublet filaments extracted from MSTD neurodegenerative human brain

要素

Transmembrane protein 106B

キーワード

NEUROPEPTIDE / TMEM106B / TMEM filament / MSTD

機能・相同性

機能・相同性情報

lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / regulation of lysosome organization / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / lysosomal transport / lysosome organization / dendrite morphogenesis / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Hoq, M.R. / Bharath, S.R. / Jiang, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023
タイトル: Cross-β helical filaments of Tau and TMEM106B in gray and white matter of multiple system tauopathy with presenile dementia.
著者: Md Rejaul Hoq / Sakshibeedu R Bharath / Grace I Hallinan / Anllely Fernandez / Frank S Vago / Kadir A Ozcan / Daoyi Li / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Bernardino Ghetti / Wen Jiang /

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f9k.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f9k.ent.gz	146 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f9k_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f9k_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8f9k_validation.xml.gz	51.8 KB	表示
CIF形式データ	8f9k_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/8f9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	28943MC 25995C 7tmcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transmembrane protein 106B

B: Transmembrane protein 106B

C: Transmembrane protein 106B

D: Transmembrane protein 106B

E: Transmembrane protein 106B

F: Transmembrane protein 106B

ヘテロ分子

192 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質

Transmembrane protein 106B

分子量: 31156.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM106B / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NUM4

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: TMEM106B / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.2
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	平均露光時間: 1.103 sec. / 電子線照射量: 50.46 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称	回転角度/サブユニット: -0.42 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成	解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34423 / 対称性のタイプ: HELICAL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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