+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f9k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TMEM106B doublet filaments extracted from MSTD neurodegenerative human brain | ||||||
![]() | Transmembrane protein 106B | ||||||
![]() | NEUROPEPTIDE / TMEM106B / TMEM filament / MSTD | ||||||
機能・相同性 | ![]() lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / ATPase binding ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / ATPase binding / late endosome membrane / endosome / lysosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Hoq, M.R. / Bharath, S.R. / Jiang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cross-β helical filaments of Tau and TMEM106B in gray and white matter of multiple system tauopathy with presenile dementia. 著者: Md Rejaul Hoq / Sakshibeedu R Bharath / Grace I Hallinan / Anllely Fernandez / Frank S Vago / Kadir A Ozcan / Daoyi Li / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Bernardino Ghetti / Wen Jiang / ![]() | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 146 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28943MC ![]() 7tmcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31156.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: TMEM106B / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.103 sec. / 電子線照射量: 50.46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア | 名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -0.42 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34423 / 対称性のタイプ: HELICAL |