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- PDB-8f60: anti-BTLA monoclonal antibody r23C8 in complex with BTLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f60
タイトルanti-BTLA monoclonal antibody r23C8 in complex with BTLA
要素
  • B- and T-lymphocyte attenuator
  • r23C8 Fab heavy chain
  • r23C8 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / Co-inhibition by BTLA / negative regulation of T cell proliferation / signaling receptor activity / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B- and T-lymphocyte attenuator / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / B- and T-lymphocyte attenuator
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Hendle, J. / Atwell, S. / Lieu, R. / Hickey, M. / Weichert, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Epitope topography of agonist antibodies to the checkpoint inhibitory receptor BTLA.
著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / ...著者: Cheung, T.C. / Atwell, S. / Bafetti, L. / Cuenca, P.D. / Froning, K. / Hendle, J. / Hickey, M. / Ho, C. / Huang, J. / Lieu, R. / Lim, S. / Lippner, D. / Obungu, V. / Ward-Kavanagh, L. / Weichert, K. / Ware, C.F. / Vendel, A.C.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: r23C8 Fab heavy chain
B: r23C8 Fab light chain
C: B- and T-lymphocyte attenuator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6645
ポリマ－60,8573
非ポリマー8082
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.464, 79.661, 74.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 r23C8 Fab heavy chain


分子量: 23285.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 r23C8 Fab light chain


分子量: 23035.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 B- and T-lymphocyte attenuator / B- and T-lymphocyte-associated protein


分子量: 14536.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTLA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q7Z6A9
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 477分子

#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.01 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 4K + 100mM Sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→60 Å / Num. obs: 108178 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 15736 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2aw2

2aw2


解像度: 1.64→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.6 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20546 5400 5 %RANDOM
Rwork0.18149 ---
obs0.18272 102757 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.634 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20.93 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3959 0 54 476 4489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9675835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19324.706153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05715626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6631513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0647.8642165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.14211.7112708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4228.6342065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.02938.4476530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.643→1.686 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 380 -
Rwork0.297 7563 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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