PDB-8f3u: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485M T4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3u

タイトル

Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485M T499I V629E variant penicillin bound form from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Schoenle, M.V. / Page, R. / Peti, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3u.cif.gz	147.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3u.ent.gz	111.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3u_validation.pdf.gz	871 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3u_full_validation.pdf.gz	875.4 KB	表示
XML形式データ	8f3u_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8f3u_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3iC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3oC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3tC 8f3zC 8f67C 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 5

ヘテロ分子

72.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	194.296, 194.296, 154.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1034- HOH

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5 分子量: 70188.156 Da / 分子数: 1 / 変異: T485M T499I V629E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物	ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G 分子量: 336.406 Da / 分子数: 1 / 変異: T485M T499I V629E / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₄S / 参照: serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 3.0 ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.6 Å / Num. obs: 53261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 612496
反射シェル	解像度: 2.6→2.68 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 1.102 / Num. measured all: 51269 / Num. unique obs: 4505 / CC_1/2: 0.801 / R_pim(I) all: 0.338 / R_rim(I) all: 1.153 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1-4122	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 2.6→38.6 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	4913	4.89 %
R_work	0.1985	-	-
obs	0.1996	53219	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4835	0	128	234	5197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	5023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.434	6818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.515	1827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	761
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	883

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.4194	151	0.3486	3113	X-RAY DIFFRACTION	96
2.63-2.66	0.3198	158	0.305	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.69	0.3576	144	0.2951	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.72	0.3578	190	0.2964	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.76	0.3757	137	0.2889	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3154	133	0.3044	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.84	0.3367	172	0.2926	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.88	0.3354	208	0.2927	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.3552	180	0.2968	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.97	0.3746	148	0.2953	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.02	0.2819	174	0.289	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.08	0.309	187	0.2728	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.3218	205	0.2601	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.2952	173	0.272	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.27	0.282	183	0.2416	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.35	0.3223	172	0.2394	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.43	0.3496	129	0.229	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.52	0.2288	165	0.2193	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.63	0.2403	170	0.209	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.75	0.2336	165	0.1988	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.88	0.208	147	0.1802	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.03	0.2143	132	0.1727	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.22	0.1613	179	0.1535	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.44	0.1736	164	0.1507	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.72	0.1805	137	0.1459	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
4.72-5.08	0.1347	172	0.1566	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-5.59	0.1734	188	0.156	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-6.4	0.1779	160	0.1782	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4-8.05	0.1691	140	0.1794	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
8.05-38.6	0.1639	150	0.1638	3194	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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