PDB-8f3t: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485M T4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3t

タイトル

Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485M T499I V629E variant apo form from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Schoenle, M.V. / Page, R. / Peti, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3t.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3t.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3t_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3t_full_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示
XML形式データ	8f3t_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8f3t_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3iC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3oC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3uC 8f3zC 8f67C 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 5

ヘテロ分子

72.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.777, 192.777, 155.427
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-910- HOH
2	1	A-1032- HOH

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5 分子量: 70188.156 Da / 分子数: 1 / 変異: T485M T499I V629E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 3.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→39.78 Å / Num. obs: 55258 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 620710
反射シェル	解像度: 2.56→2.63 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.139 / Num. measured all: 49747 / Num. unique obs: 4437 / CC_1/2: 0.739 / R_pim(I) all: 0.352 / R_rim(I) all: 1.193 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 2.56→39.78 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2136	5202	4.99 %
R_work	0.1918	-	-
obs	0.1929	55220	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→39.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4857	0	98	256	5211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	5021
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.412	6812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.992	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	759
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.56-2.59	0.3618	182	0.3287	3191	X-RAY DIFFRACTION	97
2.59-2.62	0.3313	167	0.3042	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.65	0.3591	213	0.2822	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.68	0.3019	157	0.2759	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.72	0.3141	179	0.2691	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.76	0.2746	186	0.2588	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.79	0.2917	137	0.2624	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2892	179	0.2686	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.88	0.3198	217	0.2878	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.3486	177	0.3024	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3041	154	0.2664	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.3256	195	0.2695	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.09	0.2348	205	0.2399	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.15	0.2263	202	0.2267	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.22	0.2782	188	0.2339	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.3	0.2604	175	0.224	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.38	0.2362	135	0.226	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.47	0.2873	173	0.2171	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.57	0.2191	173	0.1835	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.69	0.2179	174	0.1869	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.82	0.2072	145	0.1746	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.97	0.2177	163	0.1795	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.15	0.1963	166	0.16	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.37	0.1997	176	0.1398	3303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.37-4.65	0.1527	155	0.1425	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5	0.133	164	0.1476	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
5-5.51	0.1656	204	0.1523	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-6.3	0.1649	161	0.1801	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3-7.93	0.1829	145	0.1802	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
7.93-39.78	0.1686	155	0.1687	3334	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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