PDB-8f3z: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) S422A va...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3z

タイトル

Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) S422A variant apo form from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / antibiotics

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schoenle, M.V. / D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Peti, W. / Page, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3z.cif.gz	145 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3z.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3z_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3z_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	8f3z_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	8f3z_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3iC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3oC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3tC 8f3uC 8f67C 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 5

ヘテロ分子

72.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.692, 190.692, 156.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-987- HOH
2	1	A-1003- HOH

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5 分子量: 70100.023 Da / 分子数: 1 / 変異: S422A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.095 M Tris pH 8.0, 2.85 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→39.5 Å / Num. obs: 41759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.351 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.36 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 827832
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.2 % / R_merge(I) obs: 3.355 / Num. measured all: 87971 / Num. unique obs: 4582 / CC_1/2: 0.616 / R_pim(I) all: 0.779 / R_rim(I) all: 3.447 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I) obs: 3.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1-4122	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 2.8→39.03 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	3887	4.98 %
R_work	0.1804	-	-
obs	0.1818	41592	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4761	0	120	232	5113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.478	6727
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.91	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.3538	143	0.3071	2360	X-RAY DIFFRACTION	90
2.83-2.87	0.3479	180	0.2944	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.9	0.3481	138	0.2789	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.3595	126	0.275	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.99	0.3369	136	0.2673	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.03	0.2928	163	0.2532	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.08	0.2672	176	0.2413	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.13	0.2695	157	0.2251	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.18	0.2441	150	0.2264	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.24	0.2617	148	0.2193	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.3	0.2	111	0.2075	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.37	0.1923	121	0.1996	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.44	0.2401	149	0.1824	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.52	0.1811	130	0.1695	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.61	0.1959	144	0.1678	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.71	0.2139	132	0.1616	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.82	0.2177	126	0.1555	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.94	0.2014	132	0.1599	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.08	0.1676	101	0.1471	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.25	0.181	171	0.1378	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.44	0.1203	137	0.1341	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.67	0.118	116	0.1356	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-4.96	0.1621	136	0.1424	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.35	0.1822	171	0.1546	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-5.88	0.2113	132	0.1772	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-6.73	0.1912	105	0.1898	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
6.73-8.46	0.203	123	0.1763	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
8.47-39.03	0.1877	133	0.1651	2666	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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