PDB-8f3o: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) R464A va...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3o

タイトル

Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) R464A variant apo form from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin Binding Protein 5 / Antibiotic resistance / ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Schoenle, M.V. / Peti, W. / Page, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3o.cif.gz	139.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3o.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3o_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3o_full_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示
XML形式データ	8f3o_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	8f3o_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3iC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3tC 8f3uC 8f3zC 8f67C 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 5

ヘテロ分子

71.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.025, 192.025, 155.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-705- SO4

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5 分子量: 70029.906 Da / 分子数: 1 / 変異: R464A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.085 M Tris pH 8.0, 2.55 M ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→39.97 Å / Num. obs: 34358 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.22 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.226 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 684184
反射シェル	解像度: 3→3.14 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 1.756 / Num. measured all: 90868 / Num. unique obs: 4471 / CC_1/2: 0.747 / R_pim(I) all: 0.396 / R_rim(I) all: 1.801 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.9 Å	39.97 Å
Translation	2.9 Å	39.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1-4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 3→39.66 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	3157	4.92 %
R_work	0.2046	-	-
obs	0.206	34317	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→39.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4755	0	90	95	4940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	4901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.42	6666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.445	1747
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.04	0.4215	166	0.3757	2560	X-RAY DIFFRACTION	98
3.04-3.09	0.3635	174	0.3328	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.36	156	0.3054	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.3406	141	0.3092	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.25	0.3252	158	0.2858	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.32	0.2906	118	0.2766	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.3216	113	0.2726	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.46	0.3177	144	0.267	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.54	0.2663	135	0.2236	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.63	0.2458	139	0.2148	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.72	0.2115	137	0.2056	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.83	0.1992	118	0.1937	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.96	0.2364	129	0.19	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.1	0.2474	113	0.1833	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.26	0.2037	157	0.1719	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.46	0.1549	145	0.1554	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.69	0.1923	108	0.16	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-4.98	0.1853	140	0.1714	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-5.37	0.2018	172	0.1799	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-5.91	0.2151	133	0.1997	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-6.76	0.183	108	0.1992	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
6.76-8.5	0.2161	120	0.1854	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5-39.66	0.2107	133	0.172	2667	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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