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万見
- PDB-8f3n: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485A va... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f3n
タイトルCrystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) T485A variant with S466 insertion penicillin bound form from Enterococcus faecium
要素Penicillin binding protein 5
キーワードANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
OPEN FORM - PENICILLIN G / Penicillin binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Schoenle, M.V. / Page, R. / Peti, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,33521
ポリマ－70,1731
非ポリマー2,16220
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)192.264, 192.264, 156.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5


分子量: 70173.078 Da / 分子数: 1 / 変異: T485A, S466 insertion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物 ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G


分子量: 336.406 Da / 分子数: 1 / 変異: T485A, S466 insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H20N2O4S / 参照: serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 3.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→39.24 Å / Num. obs: 34774 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 455452
反射 シェル解像度: 2.99→3.14 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Num. measured all: 58701 / Num. unique obs: 4522 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.206 / Rrim(I) all: 0.591 / Χ2: 0.6 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.66 Å39.24 Å
Translation7.66 Å39.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka


解像度: 2.99→38.2 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 3096 4.9 %
Rwork0.1983 --
obs0.1993 33794 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→38.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4707 0 95 30 4832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0014859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4146627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6341688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.040.48651550.4292668X-RAY DIFFRACTION96
3.04-3.090.34981850.35142791X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.140.31861690.29832792X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.20.32971070.27521970X-RAY DIFFRACTION70
3.2-3.260.29961210.27591957X-RAY DIFFRACTION70
3.26-3.330.24971160.25012766X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.40.27351300.25122862X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.480.26471580.23592810X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.570.22151340.22692835X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.660.27451440.22552784X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.770.23211560.1992849X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.890.22831200.18912821X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.030.18511250.17552838X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.190.21281580.17762789X-RAY DIFFRACTION99
4.19-4.380.18591410.16562837X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.620.17231330.16292826X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.90.16871490.15562820X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.280.1931610.18122804X-RAY DIFFRACTION100
5.28-5.810.19941520.1912794X-RAY DIFFRACTION99
5.81-6.640.18651190.20342840X-RAY DIFFRACTION100
6.65-8.360.20621250.19192832X-RAY DIFFRACTION99
8.37-38.20.19721380.16562813X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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