PDB-8f3i: Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) S466 ins...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3i

タイトル

Crystal structure of Penicillin Binding Protein 5 (PBP5) S466 insertion variant penicillin bound form from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 5

キーワード

ANTIBIOTIC / Penicillin binding / antibiotic resistance / ANTIBIOTICS

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

D'Andrea, E.D. / Choy, M.S. / Schoenle, M.V. / Page, R. / Peti, W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Molecular Basis for Resistance of E. faecium PBP5 to beta-lactam Antibiotics
著者: Hunashal, Y. / Kumar, G.S. / Choy, M.S. / Da Silva Santiago, A. / D'Andrea, E.D. / Schoenle, M.V. / Arthur, M. / Rice, L.B. / Page, R. / Peti, W.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3i.cif.gz	143.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3i.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3i_validation.pdf.gz	889 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3i_full_validation.pdf.gz	892.9 KB	表示
XML形式データ	8f3i_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	8f3i_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3fC 8f3gC 8f3hC 8f3jC 8f3lC 8f3mC 8f3nC 8f3oC 8f3pC 8f3qC 8f3rC 8f3sC 8f3tC 8f3uC 8f3zC 8f67C 6mkaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 5

ヘテロ分子

73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.621, 193.621, 155.603
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-923- HOH
2	1	A-944- HOH

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 5 / Penicillin-binding protein Pbp5 分子量: 70203.102 Da / 分子数: 1 / 変異: S466 insertion / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G5CKR9
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PNM / OPEN FORM - PENICILLIN G 分子量: 336.406 Da / 分子数: 1 / 変異: S466 insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₄S / 参照: serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 3.0 ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→38.9 Å / Num. obs: 42818 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 475161
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1.049 / Num. measured all: 49018 / Num. unique obs: 4381 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.323 / R_rim(I) all: 1.099 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 2.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.67 Å	38.9 Å
Translation	7.67 Å	38.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1-4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.6.3	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MKA

6mka

解像度: 2.8→38.9 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	3993	4.97 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1855	42785	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4781	0	130	145	5056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.439	6753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.251	1752
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.3526	128	0.3144	2573	X-RAY DIFFRACTION	96
2.83-2.86	0.3616	175	0.3032	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9	0.3286	159	0.2932	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.94	0.3103	136	0.28	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-2.98	0.3813	124	0.3022	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.02	0.305	140	0.297	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.07	0.3269	162	0.2756	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.11	0.2604	178	0.2603	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.17	0.3189	147	0.251	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.22	0.3056	144	0.2577	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.22-3.28	0.2533	150	0.2236	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.34	0.2602	124	0.2255	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.41	0.2805	108	0.2169	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.48	0.2308	150	0.2052	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.56	0.2185	137	0.2063	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.65	0.208	129	0.1871	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.75	0.2006	142	0.1658	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.86	0.1648	114	0.1608	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-3.99	0.1741	124	0.1644	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.13	0.2064	118	0.1503	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.29	0.1643	154	0.1412	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.49	0.1502	140	0.1358	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-4.73	0.1623	110	0.1387	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.02	0.131	141	0.1414	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
5.02-5.41	0.1525	172	0.1505	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
5.41-5.95	0.1811	131	0.171	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
5.95-6.81	0.2215	107	0.1786	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
6.81-8.56	0.1954	119	0.1744	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
8.56-38.9	0.1817	130	0.1641	2624	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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