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万見
- PDB-8f1g: Crystal structure of human WDR5 in complex with compound WM662 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f1g
タイトルCrystal structure of human WDR5 in complex with compound WM662
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードONCOPROTEIN / WDR5 / WM662 / Myc
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-X8N / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Liu, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Potent Small-Molecule Inhibitors of WDR5-MYC Interaction.
著者: Ding, J. / Li, G. / Liu, H. / Liu, L. / Lin, Y. / Gao, J. / Zhou, G. / Shen, L. / Zhao, M. / Yu, Y. / Guo, W. / Hommel, U. / Ottl, J. / Blank, J. / Aubin, N. / Wei, Y. / He, H. / Sage, D.R. / ...著者: Ding, J. / Li, G. / Liu, H. / Liu, L. / Lin, Y. / Gao, J. / Zhou, G. / Shen, L. / Zhao, M. / Yu, Y. / Guo, W. / Hommel, U. / Ottl, J. / Blank, J. / Aubin, N. / Wei, Y. / He, H. / Sage, D.R. / Atadja, P.W. / Li, E. / Jain, R.K. / Tallarico, J.A. / Canham, S.M. / Chiang, Y.L. / Wang, H.
履歴
登録2022年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,29515
ポリマ－69,3272
非ポリマー1,96913
水4,828268
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6948
ポリマ－34,6631
非ポリマー1,0307
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6027
ポリマ－34,6631
非ポリマー9386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.966, 80.243, 64.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34663.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

-
非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-X8N / (2S)-2-({(2S)-3-(3'-chloro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-oxo-1-[(1H-tetrazol-5-yl)amino]propan-2-yl}oxy)propanoic acid


分子量: 415.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH=7.4, 25 mM ammonium sulfate, 24% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 31932 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 5.6 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.14→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2769 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.357

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y7R

4y7r


解像度: 2.14→40.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1511 4.73 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 31932 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9155 Å20 Å29.2179 Å2
2--9.3077 Å20 Å2
3----7.3922 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.14→40.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4700 0 130 268 5098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014944HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.226688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1683SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes699HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4944HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion647SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5924SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 143 5.16 %
Rwork0.233 2626 -
all0.234 2769 -
obs--88.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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