PDB-8f0b: Lysozyme Anomalous Dataset at 240 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f0b

タイトル

Lysozyme Anomalous Dataset at 240 K and 7.1 keV

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f0b.cif.gz	45.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f0b.ent.gz	29.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.106, 77.106, 37.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-335- HOH
2	1	A-405- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 uL of 0.6 M Sodium Chloride in 100 mM Sodium Acetate buffer pH 4.5 and 25% ethylene glycol were mixed with 5 uL 100 mg/mL lysozyme in 100 mM Sodium Acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 240 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→37.04 Å / Num. obs: 9246 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 35.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / Num. unique obs: 590 / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.067 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.507 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.862 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	478	5.17 %
R_work	0.1368	8767	-
all	0.14	-	-
obs	-	9245	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.469 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.469 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.937 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.507 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	16	105	1122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.636	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.549	1.562	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.913	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.775	10	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.223	10	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.377	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.165	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.114	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.451	4.23	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.434	4.229	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.866	7.866	657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.879	7.882	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.993	5.085	535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.99	5.092	536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.746	9.11	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.742	9.117	778
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.601	33.288	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.497	31.094	1300

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.209	30	0.14	640	0.143	670	0.976	0.988	100	0.128
1.949-2.003	0.206	31	0.143	604	0.147	635	0.971	0.987	100	0.133
2.003-2.061	0.263	29	0.132	612	0.137	641	0.953	0.988	100	0.121
2.061-2.124	0.205	42	0.141	556	0.145	598	0.973	0.988	100	0.135
2.124-2.193	0.248	40	0.126	575	0.134	615	0.96	0.99	100	0.12
2.193-2.27	0.187	31	0.127	541	0.131	573	0.978	0.99	99.8255	0.12
2.27-2.355	0.254	30	0.12	529	0.126	560	0.963	0.991	99.8214	0.118
2.355-2.451	0.177	31	0.121	507	0.124	538	0.981	0.991	100	0.12
2.451-2.559	0.214	18	0.141	499	0.143	517	0.965	0.986	100	0.14
2.559-2.683	0.271	15	0.141	485	0.145	500	0.955	0.987	100	0.14
2.683-2.828	0.197	27	0.137	448	0.14	475	0.975	0.988	100	0.141
2.828-2.998	0.19	24	0.15	423	0.153	447	0.978	0.985	100	0.156
2.998-3.203	0.256	14	0.151	421	0.155	435	0.975	0.985	100	0.16
3.203-3.457	0.2	19	0.133	379	0.136	398	0.976	0.99	100	0.142
3.457-3.783	0.163	27	0.132	344	0.134	371	0.984	0.99	100	0.146
3.783-4.224	0.168	16	0.127	329	0.129	345	0.989	0.991	100	0.15
4.224-4.865	0.131	20	0.123	285	0.123	305	0.99	0.992	100	0.15
4.865-5.929	0.306	12	0.161	254	0.167	266	0.966	0.987	100	0.191
5.929-8.263	0.234	16	0.161	200	0.166	216	0.962	0.984	100	0.18
8.263-34.507	0.105	6	0.145	137	0.143	143	0.992	0.985	100	0.177

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関連情報:EMDBヘッダ

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