+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f03 | |||||||||
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Title | Thaumatin Anomalous Dataset at 293 K and 12 keV | |||||||||
Components | Thaumatin I | |||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / sweet-testing protein | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Thaumatococcus daniellii (katemfe) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.39 Å | |||||||||
Authors | Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D. | |||||||||
Funding support | United States, France, 2items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures. Authors: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8f03.cif.gz | 127.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8f03.ent.gz | 78.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8f03.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f03 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22243.119 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thaumatococcus daniellii (katemfe) / Production host: Thaumatococcus daniellii (katemfe) / References: UniProt: P02883 |
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#2: Chemical | ChemComp-TLA / |
#3: Chemical | ChemComp-K / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 56.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 Details: 5 uL 24% potassium/sodium phosphate, 15% ethylene glycol, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6 + 5 uL 20mg/mL thaumatin in distilled water |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 19, 2020 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.39→38.323 Å / Num. obs: 54660 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 52.4 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 29.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.39→1.41 Å / Redundancy: 52.3 % / Rmerge(I) obs: 5.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2617 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.713 / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.39→38.323 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 1.541 / SU ML: 0.025 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.772 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.39→38.323 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 12.402 Å / Origin y: -24.623 Å / Origin z: 4.883 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |