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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8f05 | |||||||||
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Title | Proteinase K Anomalous Dataset at 293 K and 7.1 keV | |||||||||
![]() | Proteinase K | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Proteinase K / serine proteases | |||||||||
Function / homology | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures. Authors: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 156.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ezoC ![]() 8ezpC ![]() 8ezuC ![]() 8ezxC ![]() 8f00C ![]() 8f01C ![]() 8f03C ![]() 8f06C ![]() 8f07C ![]() 8f0bC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 28958.791 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 39.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 2 uL 1 M ammonium sulfate + 2 uL 10 mg/mL proteinase K in 50 mM Tris, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 19, 2020 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7462 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→35.062 Å / Num. obs: 22708 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 39.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique obs: 1140 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.055 / % possible all: 86 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.823 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→35.062 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 51.8925 Å / Origin y: 12.9764 Å / Origin z: 0.2887 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |