PDB-8ezu: Lysozyme Anomalous Dataset at 273 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezu

タイトル

Lysozyme Anomalous Dataset at 273 K and 7.1 keV

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezu.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezu.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.322, 77.322, 37.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-342- HOH
2	1	A-364- HOH
3	1	A-374- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 uL of 0.6 M Sodium Chloride in 100 mM Sodium Acetate buffer pH 4.5 and 25% ethylene glycol were mixed with 5 uL 100 mg/mL lysozyme in 100 mM Sodium Acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.663 Å / Num. obs: 9255 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique obs: 573 / CC_1/2: 0.988 / R_pim(I) all: 0.082 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.901→38.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.172 / WR_factor R_work: 0.136 / SU B: 5.145 / SU ML: 0.077 / Average fsc free: 0.9796 / Average fsc work: 0.9892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1705	478	5.179 %
R_work	0.1334	8752	-
all	0.135	-	-
obs	-	9230	99.258 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.132 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.388 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.388 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.775 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→38.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	17	79	1097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.639	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.552	1.563	2210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.757	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.966	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.823	10	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.969	10	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.375	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.192	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.314	2.772	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.315	2.769	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.89	5.171	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.897	5.179	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.455	3.582	553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.452	3.592	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.404	6.329	801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.4	6.338	802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.465	22.494	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.417	21.54	1315

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.901-1.95	0.256	33	0.154	633	0.159	681	0.967	0.988	97.7974	0.141
1.95-2.004	0.211	27	0.139	602	0.142	629	0.981	0.988	100	0.125
2.004-2.061	0.196	33	0.127	615	0.13	648	0.977	0.989	100	0.115
2.061-2.125	0.163	40	0.123	556	0.126	596	0.983	0.991	100	0.114
2.125-2.194	0.178	41	0.116	574	0.121	615	0.982	0.991	100	0.111
2.194-2.271	0.147	28	0.123	546	0.124	580	0.986	0.991	98.9655	0.117
2.271-2.356	0.22	34	0.128	527	0.133	561	0.967	0.99	100	0.123
2.356-2.452	0.233	31	0.126	518	0.131	549	0.978	0.989	100	0.121
2.452-2.561	0.22	18	0.137	496	0.14	514	0.963	0.988	100	0.132
2.561-2.685	0.222	15	0.133	493	0.135	508	0.967	0.988	100	0.13
2.685-2.83	0.125	27	0.138	443	0.137	470	0.989	0.988	100	0.136
2.83-3	0.147	23	0.138	430	0.139	454	0.984	0.989	99.7797	0.139
3-3.206	0.23	15	0.132	415	0.136	432	0.984	0.989	99.537	0.136
3.206-3.461	0.14	19	0.126	386	0.127	407	0.987	0.99	99.5086	0.134
3.461-3.788	0.152	25	0.116	340	0.118	368	0.987	0.993	99.1848	0.127
3.788-4.23	0.115	17	0.117	327	0.117	347	0.991	0.993	99.1354	0.13
4.23-4.875	0.139	20	0.121	282	0.122	307	0.989	0.992	98.3713	0.139
4.875-5.947	0.281	11	0.164	248	0.169	270	0.976	0.987	95.9259	0.183
5.947-8.313	0.181	15	0.183	192	0.183	214	0.97	0.982	96.729	0.201
8.313-38.663	0.113	6	0.184	129	0.18	143	0.99	0.97	94.4056	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.992 Å / Origin y: 40.289 Å / Origin z: -0.46 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0026 Å²	0.0011 Å²	0.0032 Å²	-	0.0028 Å²	0.0019 Å²	-	-	0.0196 Å²
L	2.5929 °²	-1.5101 °²	-0.1512 °²	-	2.8581 °²	0.1732 °²	-	-	1.4191 °²
S	0.051 Å °	0.0385 Å °	0.2095 Å °	-0.0654 Å °	-0.0515 Å °	-0.0513 Å °	0.0245 Å °	0.0244 Å °	0.0005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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