PDB-8f07: Proteinase K Anomalous Dataset at 273 K and 12 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f07

タイトル

Proteinase K Anomalous Dataset at 273 K and 12 keV

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / Proteinase K / serine proteases

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f07.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f07.ent.gz	104.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f07_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f07_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	8f07_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8f07_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.382, 68.382, 103.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-549- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 uL 1 M ammonium sulfate + 2 uL 10 mg/mL proteinase K in 50 mM Tris, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→35.365 Å / Num. obs: 113400 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 22.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.8 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 34.5
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 4748 / CC_1/2: 0.92 / R_pim(I) all: 0.222 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.05→35.365 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.985 / WR_factor R_free: 0.102 / WR_factor R_work: 0.093 / SU B: 0.399 / SU ML: 0.009 / Average fsc free: 0.9941 / Average fsc work: 0.9954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.017 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1048	5747	5.072 %
R_work	0.0956	107552	-
all	0.096	-	-
obs	-	113299	98.851 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.628 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.628 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.256 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→35.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	46	298	2376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.64	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.598	1.556	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.201	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.02	5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.241	10	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.327	10	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	0.616	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.8	0.615	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.026	1.196	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.056	1.199	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.593	1.543	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.483	1.247	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.942	2.759	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.004	2.039	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.843	13.54	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.433	8.85	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.323	3	4234

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.05-1.077	0.134	365	0.136	6936	0.136	8337	0.991	0.99	87.5735	0.112
1.077-1.107	0.111	399	0.104	7562	0.104	8168	0.992	0.994	97.4657	0.084
1.107-1.139	0.093	384	0.085	7530	0.086	7935	0.995	0.996	99.7354	0.069
1.139-1.174	0.087	422	0.075	7253	0.076	7675	0.996	0.997	100	0.061
1.174-1.212	0.092	372	0.074	7107	0.075	7479	0.996	0.997	100	0.06
1.212-1.255	0.091	375	0.074	6883	0.075	7258	0.995	0.997	100	0.061
1.255-1.302	0.087	370	0.076	6614	0.077	6985	0.995	0.997	99.9857	0.063
1.302-1.355	0.089	342	0.076	6404	0.077	6746	0.996	0.997	100	0.064
1.355-1.415	0.089	340	0.074	6138	0.075	6478	0.995	0.997	100	0.063
1.415-1.484	0.089	302	0.075	5907	0.076	6209	0.995	0.997	100	0.065
1.484-1.565	0.099	290	0.077	5619	0.078	5909	0.994	0.997	100	0.07
1.565-1.659	0.096	275	0.082	5329	0.082	5605	0.995	0.996	99.9822	0.075
1.659-1.774	0.094	267	0.084	5023	0.085	5290	0.995	0.996	100	0.079
1.774-1.915	0.095	247	0.087	4686	0.087	4933	0.995	0.996	100	0.084
1.915-2.097	0.097	236	0.085	4320	0.086	4556	0.995	0.996	100	0.085
2.097-2.344	0.1	201	0.092	3951	0.092	4152	0.994	0.995	100	0.095
2.344-2.705	0.111	190	0.105	3501	0.106	3691	0.992	0.993	100	0.112
2.705-3.308	0.139	171	0.119	2981	0.12	3153	0.989	0.991	99.9683	0.133
3.308-4.657	0.096	125	0.111	2377	0.11	2502	0.994	0.993	100	0.128
4.657-35.365	0.198	74	0.18	1431	0.181	1506	0.979	0.982	99.9336	0.205

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 52.2432 Å / Origin y: 13.0743 Å / Origin z: 0.2851 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0004 Å²	0.0005 Å²	-0.0026 Å²	-	0.0015 Å²	-0.0006 Å²	-	-	0.0694 Å²
L	0.6974 °²	-0.1064 °²	0.0435 °²	-	0.5627 °²	0.0781 °²	-	-	0.4318 °²
S	0.0032 Å °	0.0274 Å °	-0.0125 Å °	-0.0031 Å °	-0.0043 Å °	0.0307 Å °	0.0114 Å °	0.0146 Å °	0.0011 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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