PDB-8f06: Proteinase K Anomalous Dataset at 310 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f06

タイトル

Proteinase K Anomalous Dataset at 310 K and 7.1 keV

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / Proteinase K / serine proteases

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f06.cif.gz	157.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f06.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f06_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f06_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	8f06_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8f06_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.950, 67.950, 102.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-518- HOH
2	1	A-624- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parengyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 uL 1 M ammonium sulfate + 2 uL 10 mg/mL proteinase K in 50 mM Tris, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 310 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35.03 Å / Num. obs: 22689 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1158 / CC_1/2: 0.886 / R_sym value: 0.221 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→35.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 3.716 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1472	1140	5.041 %
R_work	0.1163	21473	-
all	0.118	-	-
obs	-	22613	98.618 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.609 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.609 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.218 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	16	240	2288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.637	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.551	1.55	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.46	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.302	10	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.272	10	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.928	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.361	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.327	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	2.179	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.66	2.178	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.108	4.059	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.13	4.067	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.534	2.991	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.999	2.922	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.193	5.278	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.548	5.116	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.698	25.591	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.545	21.747	2504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.346	69	0.244	1380	X-RAY DIFFRACTION	86.8705
1.847-1.897	0.206	73	0.165	1474	X-RAY DIFFRACTION	96.0273
1.897-1.952	0.168	78	0.121	1497	X-RAY DIFFRACTION	99.8099
1.952-2.012	0.153	81	0.106	1437	X-RAY DIFFRACTION	99.9342
2.012-2.078	0.126	78	0.097	1398	X-RAY DIFFRACTION	99.5951
2.078-2.15	0.138	64	0.11	1365	X-RAY DIFFRACTION	99.8602
2.15-2.231	0.161	66	0.115	1330	X-RAY DIFFRACTION	99.8569
2.231-2.322	0.184	67	0.119	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.925
2.322-2.424	0.179	72	0.12	1222	X-RAY DIFFRACTION	99.9228
2.424-2.542	0.145	59	0.11	1166	X-RAY DIFFRACTION	99.837
2.542-2.679	0.14	64	0.103	1121	X-RAY DIFFRACTION	99.8315
2.679-2.84	0.143	62	0.108	1063	X-RAY DIFFRACTION	99.9112
2.84-3.035	0.183	52	0.123	991	X-RAY DIFFRACTION	99.8086
3.035-3.276	0.155	56	0.119	947	X-RAY DIFFRACTION	99.9004
3.276-3.586	0.127	35	0.111	887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.586-4.004	0.1	46	0.092	796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.004-4.613	0.08	44	0.087	699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.613-5.626	0.149	32	0.099	618	X-RAY DIFFRACTION	99.5406
5.626-7.855	0.134	23	0.145	498	X-RAY DIFFRACTION	100
7.855-35.03	0.174	19	0.175	318	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.105 Å / Origin y: 12.9582 Å / Origin z: 25.2854 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0114 Å²	0.0015 Å²	-0.0013 Å²	-	0.001 Å²	0.0009 Å²	-	-	0.0021 Å²
L	1.1132 °²	0.0703 °²	0.0127 °²	-	0.8703 °²	-0.0533 °²	-	-	0.6416 °²
S	0.007 Å °	-0.0244 Å °	-0.0367 Å °	-0.0061 Å °	-0.012 Å °	-0.0277 Å °	0.0172 Å °	-0.0048 Å °	0.005 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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