PDB-8f01: Thaumatin Anomalous Dataset at 293 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f01

タイトル

Thaumatin Anomalous Dataset at 293 K and 7.1 keV

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / sweet-testing protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f01.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f01.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f01_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f01_full_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示
XML形式データ	8f01_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	8f01_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.960, 58.960, 151.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / 発現宿主: Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.563 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 5 uL 24% potassium/sodium phosphate, 15% ethylene glycol, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6 + 5 uL 20mg/mL thaumatin in distilled water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.346 Å / Num. obs: 25629 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Num. unique obs: 1386 / CC_1/2: 0.742 / R_pim(I) all: 0.044 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→38.346 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 3.56 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1607	1266	4.967 %
R_work	0.1406	24223	-
all	0.142	-	-
obs	-	25489	99.427 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.795 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.51 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1552	0	11	122	1685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.658	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.519	1.562	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.21	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.977	10	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.812	10	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.784	10	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.306	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.119	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.159	3.897	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.162	3.895	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.204	7.264	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.216	7.277	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.377	4.94	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.372	4.936	805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.613	8.639	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.619	8.639	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.016	32.729	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.927	32.044	1740

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.274	85	0.28	1670	0.28	1867	0.95	0.958	94.0011	0.266
1.847-1.897	0.281	80	0.243	1684	0.245	1791	0.953	0.969	98.4925	0.225
1.897-1.952	0.174	80	0.173	1653	0.173	1733	0.981	0.983	100	0.152
1.952-2.012	0.158	94	0.136	1624	0.137	1718	0.982	0.988	100	0.12
2.012-2.078	0.193	85	0.14	1568	0.142	1653	0.978	0.987	100	0.123
2.078-2.15	0.196	70	0.137	1539	0.14	1609	0.977	0.988	100	0.122
2.15-2.231	0.15	79	0.128	1474	0.129	1555	0.985	0.99	99.8714	0.115
2.231-2.322	0.148	80	0.127	1424	0.128	1504	0.988	0.99	100	0.114
2.322-2.425	0.157	74	0.124	1362	0.126	1436	0.986	0.991	100	0.112
2.425-2.543	0.161	71	0.121	1311	0.123	1382	0.984	0.991	100	0.111
2.543-2.68	0.149	75	0.123	1260	0.124	1335	0.988	0.991	100	0.114
2.68-2.841	0.148	67	0.123	1172	0.124	1239	0.985	0.991	100	0.114
2.841-3.036	0.158	66	0.122	1119	0.124	1185	0.985	0.99	100	0.115
3.036-3.278	0.135	55	0.117	1069	0.118	1124	0.987	0.992	100	0.113
3.278-3.588	0.133	46	0.122	970	0.122	1016	0.99	0.992	100	0.121
3.588-4.007	0.124	47	0.121	900	0.121	948	0.991	0.992	99.8945	0.125
4.007-4.619	0.122	34	0.119	805	0.119	839	0.992	0.992	100	0.126
4.619-5.636	0.179	39	0.153	688	0.155	727	0.986	0.989	100	0.163
5.636-7.886	0.203	28	0.208	556	0.207	584	0.984	0.982	100	0.211
7.886-38.346	0.254	11	0.233	369	0.234	380	0.942	0.957	100	0.25

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.8945 Å / Origin y: 17.0362 Å / Origin z: 42.6868 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.015 Å²	0.012 Å²	0 Å²	-	0.0308 Å²	-0.0089 Å²	-	-	0.0089 Å²
L	1.5183 °²	0.0994 °²	1.1559 °²	-	0.6995 °²	-0.0137 °²	-	-	3.3938 °²
S	-0.025 Å °	0.0897 Å °	-0.0176 Å °	-0.0294 Å °	0.046 Å °	-0.0753 Å °	0.0588 Å °	0.2615 Å °	-0.021 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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