PDB-8ezx: Lysozyme Anomalous Dataset at 293 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezx

タイトル

Lysozyme Anomalous Dataset at 293 K and 7.1 keV

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezx.cif.gz	87.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezx.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ezx_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ezx_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	8ezx_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8ezx_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezpC 8ezuC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.706, 77.706, 37.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-333- HOH
2	1	A-355- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 uL of 0.6 M Sodium Chloride in 100 mM Sodium Acetate buffer pH 4.5 and 25% ethylene glycol were mixed with 5 uL 100 mg/mL lysozyme in 100 mM Sodium Acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.883 Å / Num. obs: 8682 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 30.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 2347 / CC_1/2: 0.984 / R_pim(I) all: 0.084 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.883 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 5.22 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1664	457	5.264 %
R_work	0.1297	8225	-
all	0.132	-	-
obs	-	8682	92.293 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.922 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.143 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.143 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	13	75	1089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.64	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.543	1.563	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.676	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.441	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.047	10	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.262	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.403	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.36	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.074	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.213	2.386	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.213	2.384	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.017	4.455	672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.022	4.463	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.96	3.222	563
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.958	3.23	564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.886	5.645	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.883	5.652	816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.882	19.33	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.869	18.712	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.24	34	0.147	513	X-RAY DIFFRACTION	78.2547
1.95-2.003	0.167	21	0.13	548	X-RAY DIFFRACTION	87.404
2.003-2.061	0.184	26	0.12	522	X-RAY DIFFRACTION	86.0283
2.061-2.125	0.156	42	0.122	526	X-RAY DIFFRACTION	91.1717
2.125-2.194	0.18	38	0.114	517	X-RAY DIFFRACTION	89.8058
2.194-2.271	0.134	23	0.12	485	X-RAY DIFFRACTION	89.4366
2.271-2.356	0.192	32	0.124	496	X-RAY DIFFRACTION	92.3077
2.356-2.452	0.267	26	0.129	488	X-RAY DIFFRACTION	93.1159
2.452-2.561	0.185	22	0.135	472	X-RAY DIFFRACTION	95
2.561-2.685	0.266	15	0.13	475	X-RAY DIFFRACTION	94.4123
2.685-2.83	0.165	28	0.138	436	X-RAY DIFFRACTION	96.8685
2.83-3	0.179	21	0.135	415	X-RAY DIFFRACTION	95.4048
3-3.206	0.237	14	0.133	399	X-RAY DIFFRACTION	96.2704
3.206-3.461	0.125	18	0.124	385	X-RAY DIFFRACTION	97.8155
3.461-3.788	0.116	26	0.107	347	X-RAY DIFFRACTION	98.4169
3.788-4.23	0.105	17	0.11	328	X-RAY DIFFRACTION	99.1379
4.23-4.875	0.133	20	0.113	292	X-RAY DIFFRACTION	99.0476
4.875-5.948	0.208	12	0.153	239	X-RAY DIFFRACTION	95.4373
5.948-8.315	0.164	16	0.173	205	X-RAY DIFFRACTION	100
8.315-38.883	0.202	6	0.198	137	X-RAY DIFFRACTION	99.3056

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.992 Å / Origin y: 40.289 Å / Origin z: -0.46 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0026 Å²	0.0011 Å²	-0.0068 Å²	-	0.0016 Å²	-0.0031 Å²	-	-	0.0954 Å²
L	2.9272 °²	-1.6157 °²	-0.1633 °²	-	3.0883 °²	0.1887 °²	-	-	1.5855 °²
S	0.0444 Å °	0.0292 Å °	0.2031 Å °	-0.0597 Å °	-0.051 Å °	-0.0635 Å °	-0.0035 Å °	0.0043 Å °	0.0066 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)