PDB-8ezp: Lysozyme Anomalous Dataset at 260 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezp

タイトル

Lysozyme Anomalous Dataset at 260 K and 7.1 keV

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F. / Herschlag, D.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezp.cif.gz	87.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezp.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ezp_validation.pdf.gz	434 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ezp_full_validation.pdf.gz	435.1 KB	表示
XML形式データ	8ezp_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	8ezp_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezoC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.502, 77.502, 37.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-348- HOH
2	1	A-361- HOH
3	1	A-392- HOH
4	1	A-407- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 uL of 0.6 M Sodium Chloride in 100 mM Sodium Acetate buffer pH 4.5 and 25% ethylene glycol were mixed with 5 uL 100 mg/mL lysozyme in 100 mM Sodium Acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 260 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.781 Å / Num. obs: 9386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 40.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 19.7 / Num. unique obs: 576 / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.03 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.781 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.146 / SU B: 4.91 / SU ML: 0.075 / Average fsc free: 0.9813 / Average fsc work: 0.9894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	488	5.218 %
R_work	0.1302	8865	-
all	0.132	-	-
obs	-	9353	99.787 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.078 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.078 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	12	107	1120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.637	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.562	1.562	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.664	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.996	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.463	10	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.348	10	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	851
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.348	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.641	1.768	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.642	1.766	531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.229	3.296	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.239	3.305	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.514	2.486	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.511	2.494	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.084	4.313	797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.081	4.322	798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.501	17.606	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.415	15.827	1331

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.95	0.2	38	0.12	628	0.125	682	0.979	0.992	97.654	0.114
1.95-2.003	0.171	28	0.124	623	0.126	651	0.985	0.99	100	0.12
2.003-2.061	0.204	29	0.126	615	0.13	644	0.978	0.99	100	0.125
2.061-2.124	0.17	43	0.128	562	0.132	605	0.982	0.99	100	0.13
2.124-2.194	0.218	42	0.12	585	0.126	627	0.976	0.991	100	0.121
2.194-2.27	0.146	28	0.124	543	0.125	571	0.989	0.991	100	0.129
2.27-2.356	0.187	30	0.123	534	0.126	564	0.981	0.991	100	0.128
2.356-2.452	0.295	30	0.127	528	0.134	558	0.965	0.989	100	0.134
2.452-2.56	0.171	20	0.14	498	0.141	518	0.977	0.987	100	0.15
2.56-2.684	0.247	17	0.14	495	0.143	512	0.962	0.987	100	0.153
2.684-2.829	0.174	28	0.138	446	0.14	474	0.984	0.989	100	0.158
2.829-2.999	0.13	23	0.131	432	0.131	455	0.989	0.989	100	0.151
2.999-3.205	0.207	16	0.131	416	0.134	432	0.984	0.989	100	0.154
3.205-3.46	0.153	19	0.128	396	0.13	415	0.984	0.99	100	0.149
3.46-3.787	0.137	26	0.113	346	0.114	372	0.99	0.993	100	0.137
3.787-4.229	0.134	17	0.115	332	0.116	349	0.99	0.993	100	0.148
4.229-4.874	0.126	20	0.118	293	0.119	313	0.988	0.992	100	0.16
4.874-5.946	0.257	12	0.152	252	0.157	265	0.987	0.989	99.6226	0.202
5.946-8.312	0.164	16	0.162	203	0.162	219	0.978	0.983	100	0.208
8.312-38.781	0.136	6	0.193	138	0.19	144	0.996	0.963	100	0.237

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.992 Å / Origin y: 40.289 Å / Origin z: -0.46 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0025 Å²	0.0014 Å²	0.0003 Å²	-	0.0031 Å²	-0.003 Å²	-	-	0.0408 Å²
L	2.5855 °²	-1.4844 °²	-0.0706 °²	-	2.7233 °²	0.1533 °²	-	-	1.42 °²
S	0.05 Å °	0.033 Å °	0.2103 Å °	-0.0603 Å °	-0.0665 Å °	-0.0705 Å °	-0.0144 Å °	0.0078 Å °	0.0165 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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