PDB-8ezo: Lysozyme Anomalous Dataset at 220 K and 7.1 keV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ezo

タイトル

Lysozyme Anomalous Dataset at 220 K and 7.1 keV

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Doukov, T. / Yabukarski, F.

資金援助

米国,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Obtaining anomalous and ensemble information from protein crystals from 220 K up to physiological temperatures.
著者: Doukov, T. / Herschlag, D. / Yabukarski, F.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ezo.cif.gz	86.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ezo.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ezo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ezo_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ezo_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	8ezo_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8ezo_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ezo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ezpC 8ezuC 8ezxC 8f00C 8f01C 8f03C 8f05C 8f06C 8f07C 8f0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.909, 76.909, 36.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-347- HOH
2	1	A-350- HOH
3	1	A-377- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5 uL of 0.6 M Sodium Chloride in 100 mM Sodium Acetate buffer pH 4.5 and 25% ethylene glycol were mixed with 5 uL 100 mg/mL lysozyme in 100 mM Sodium Acetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 220 K / Ambient temp details: Oxford Cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.7462 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日
放射	モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7462 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→38.484 Å / Num. obs: 9211 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 37.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique obs: 580 / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.102 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.484 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 5.476 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.9721 / Average fsc work: 0.9842 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	475	5.176 %
R_work	0.156	8702	-
all	0.158	-	-
obs	-	9177	99.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.484 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	16	84	1101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.636	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.592	1.562	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.782	5	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.696	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.036	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.787	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.384	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.205	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.335	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.44	3.726	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.389	3.726	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.93	6.924	654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.949	6.935	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.338	4.27	531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.334	4.275	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.835	7.715	771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.831	7.721	772
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.746	28.317	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.751	27.729	1277

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.239	30	0.162	633	0.165	676	0.97	0.977	98.0769	0.139
1.949-2.003	0.2	30	0.161	595	0.163	625	0.979	0.984	100	0.14
2.003-2.06	0.36	28	0.158	614	0.166	642	0.926	0.983	100	0.138
2.06-2.124	0.198	44	0.152	563	0.155	607	0.977	0.985	100	0.137
2.124-2.193	0.218	41	0.148	552	0.153	593	0.974	0.986	100	0.132
2.193-2.27	0.18	27	0.15	539	0.152	566	0.984	0.986	100	0.135
2.27-2.355	0.283	35	0.142	519	0.149	554	0.945	0.987	100	0.129
2.355-2.451	0.154	26	0.151	517	0.151	543	0.985	0.986	100	0.139
2.451-2.56	0.213	19	0.162	485	0.163	504	0.975	0.978	100	0.149
2.56-2.684	0.255	16	0.15	486	0.153	502	0.943	0.986	100	0.142
2.684-2.828	0.197	27	0.155	452	0.157	479	0.972	0.986	100	0.149
2.828-2.999	0.16	22	0.167	412	0.166	434	0.985	0.983	100	0.165
2.999-3.204	0.244	14	0.167	422	0.17	436	0.975	0.984	100	0.17
3.204-3.459	0.185	21	0.151	377	0.153	398	0.981	0.986	100	0.153
3.459-3.786	0.186	26	0.145	342	0.147	368	0.977	0.988	100	0.156
3.786-4.228	0.124	15	0.141	322	0.14	337	0.992	0.989	100	0.155
4.228-4.872	0.123	20	0.137	289	0.136	309	0.99	0.989	100	0.153
4.872-5.944	0.324	12	0.181	250	0.188	262	0.982	0.985	100	0.207
5.944-8.307	0.221	16	0.198	197	0.2	213	0.967	0.978	100	0.213
8.307-38.484	0.086	6	0.173	136	0.169	142	0.999	0.972	100	0.184

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.992 Å / Origin y: 40.289 Å / Origin z: -0.46 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0037 Å²	0.0001 Å²	0.0075 Å²	-	0.0052 Å²	0.0032 Å²	-	-	0.0285 Å²
L	2.8644 °²	-1.6686 °²	0.2367 °²	-	2.8961 °²	-0.2598 °²	-	-	1.2676 °²
S	0.0765 Å °	0.0487 Å °	0.2818 Å °	-0.0481 Å °	-0.0741 Å °	-0.1497 Å °	0.0265 Å °	0.0398 Å °	-0.0024 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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