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万見
- PDB-8eza: NHEJ Long-range complex with PAXX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eza
タイトルNHEJ Long-range complex with PAXX
要素
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • DNA (30-MER)
  • DNA (31-MER)
  • DNA ligase 4
  • DNA repair protein XRCC4
  • DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
  • Non-homologous end-joining factor 1
  • PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit -- Unknown region
  • Protein PAXX
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Complex / Kinase / NHEJ / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / DN2 thymocyte differentiation / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of platelet formation / DNA ligase activity / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination ...FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / DN2 thymocyte differentiation / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of platelet formation / DNA ligase activity / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination / DNA ligase (ATP) / negative regulation of t-circle formation / pro-B cell differentiation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase activity / small-subunit processome assembly / DNA ligase (ATP) activity / positive regulation of lymphocyte differentiation / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / single strand break repair / immature B cell differentiation / V(D)J recombination / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to X-ray / regulation of epithelial cell proliferation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / isotype switching / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / protein localization to site of double-strand break / telomere capping / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / protein localization to chromosome, telomeric region / U3 snoRNA binding / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of neurogenesis / maturation of 5.8S rRNA / T cell lineage commitment / cellular response to lithium ion / cellular hyperosmotic salinity response / DNA biosynthetic process / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 2-LTR circle formation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / B cell lineage commitment / hematopoietic stem cell proliferation / AMP binding / response to ionizing radiation / telomeric repeat DNA binding / ligase activity / negative regulation of protein phosphorylation / DNA 3'-5' helicase / T cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / chromosome organization / hematopoietic stem cell differentiation / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / site of DNA damage / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / DNA polymerase binding / activation of innate immune response / neurogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / B cell differentiation / telomere maintenance / cyclin binding / stem cell proliferation / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / protein modification process / DNA helicase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / cellular response to ionizing radiation / response to gamma radiation / positive regulation of translation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / regulation of circadian rhythm / brain development / base-excision repair / establishment of integrated proviral latency
類似検索 - 分子機能
Protein PAXX / : / PAXX, PAralog of XRCC4 and XLF, also called C9orf142 / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / DNA ligase IV domain / DNA ligase IV ...Protein PAXX / : / PAXX, PAralog of XRCC4 and XLF, also called C9orf142 / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / DNA ligase IV domain / DNA ligase IV / DNA ligase 4 / DNA Ligase 4, adenylation domain / XRCC4, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4 / : / : / : / XRCC4 N-terminal domain / XRCC4 coiled-coil / XRCC4 C-terminal region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / ATP-dependent DNA ligase family profile. / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / SAP domain superfamily / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / von Willebrand factor, type A / BRCT domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein Ku70 / DNA repair protein Ku80 / DNA ligase 4 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA repair protein XRCC4 / Protein PAXX / Non-homologous end-joining factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.39 Å
データ登録者Chen, S. / He, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM visualization of DNA-PKcs structural intermediates in NHEJ.
著者: Siyu Chen / Alex Vogt / Linda Lee / Tasmin Naila / Ryan McKeown / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). ...DNA double-strand breaks (DSBs), one of the most cytotoxic forms of DNA damage, can be repaired by the tightly regulated nonhomologous end joining (NHEJ) machinery (Stinson and Loparo and Zhao ). Core NHEJ factors form an initial long-range (LR) synaptic complex that transitions into a DNA-PKcs (DNA-dependent protein kinase, catalytic subunit)-free, short-range state to align the DSB ends (Chen ). Using single-particle cryo-electron microscopy, we have visualized three additional key NHEJ complexes representing different transition states, with DNA-PKcs adopting distinct dimeric conformations within each of them. Upon DNA-PKcs autophosphorylation, the LR complex undergoes a substantial conformational change, with both Ku and DNA-PKcs rotating outward to promote DNA break exposure and DNA-PKcs dissociation. We also captured a dimeric state of catalytically inactive DNA-PKcs, which resembles structures of other PIKK (Phosphatidylinositol 3-kinase-related kinase) family kinases, revealing a model of the full regulatory cycle of DNA-PKcs during NHEJ.
履歴
登録2022年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Protein PAXX
J: X-ray repair cross-complementing protein 6
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
K: X-ray repair cross-complementing protein 5
L: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
R: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit -- Unknown region
M: DNA (31-MER)
N: DNA (30-MER)
H: Non-homologous end-joining factor 1
I: Non-homologous end-joining factor 1
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
C: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
Q: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit -- Unknown region
D: DNA (31-MER)
E: DNA (30-MER)
F: DNA repair protein XRCC4
X: DNA ligase 4
G: DNA repair protein XRCC4
T: Protein PAXX
O: DNA repair protein XRCC4
Y: DNA ligase 4
P: DNA repair protein XRCC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,758,48224
ポリマ－1,757,46822
非ポリマー1,0142
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 12分子 STLCHIFGOPXY

#1: タンパク質 Protein PAXX / Paralog of XRCC4 and XLF / XRCC4-like small protein


分子量: 21663.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAXX, C9orf142, XLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUH6
#4: タンパク質 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit


分子量: 469673.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P78527
#8: タンパク質 Non-homologous end-joining factor 1 / Protein cernunnos / XRCC4-like factor


分子量: 33372.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHEJ1, XLF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H9Q4
#9: タンパク質
DNA repair protein XRCC4 / X-ray repair cross-complementing protein 4


分子量: 38337.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13426
#10: タンパク質 DNA ligase 4 / DNA ligase IV / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4


分子量: 104124.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIG4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49917, DNA ligase (ATP)

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X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 4分子 JAKB

#2: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6


分子量: 69945.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P12956
#3: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5


分子量: 82812.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P13010

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DNA鎖 , 2種, 4分子 MDNE

#6: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9510.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9236.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 RQ

#11: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: タンパク質・ペプチド PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit -- Unknown region


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: non-specific serine/threonine protein kinase

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NHEJ Long-range complex with PAXX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7, #9-#10, #8 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.75 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 302 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Calibrated defocus min: 2000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11006
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.8粒子像選択
4RELION3.1.3CTF補正
7ISOLDE1.3モデルフィッティング
9ISOLDE1.3モデル精密化
10RELION3.1.3初期オイラー角割当
11RELION3.1.3最終オイラー角割当
12RELION3.1.3分類
13RELION3.1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1101255
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138252 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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