PDB-8ey8: LaM domain of human LARP1 in complex with AAAAGA RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ey8

タイトル

LaM domain of human LARP1 in complex with AAAAGA RNA

要素

Isoform 2 of La-related protein 1
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*GP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

RNA / Isoform 2 of La-related protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2024
タイトル: Enhanced binding of guanylated poly(A) RNA by the LaM domain of LARP1.
著者: Kozlov, G. / Jiang, J. / Rutherford, T. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Gehring, K.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ey8.cif.gz	69.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ey8.ent.gz	41 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ey8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sowC 8ey6C 8ey7C 8g90C 8g91C 7sooS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of La-related protein 1

B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*GP*A)-3')

13.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.683, 45.879, 58.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1 分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPAPAPGPA)-3') 分子量: 1946.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95371 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 23947 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.56 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 794 / CC_1/2: 0.932 / R_sym value: 0.427 / % possible all: 65.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SOO

7soo

解像度: 1.3→36.19 Å / SU ML: 0.1309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.0571
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	1179	4.94 %
R_work	0.183	22706	-
obs	0.1835	23885	95.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	737	77	0	62	876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0144	849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5887	1166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1133	133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.8386	144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.36	0.2789	114	0.2427	2135	X-RAY DIFFRACTION	73.26
1.36-1.43	0.2564	125	0.2192	2791	X-RAY DIFFRACTION	94.55
1.43-1.52	0.2355	159	0.1884	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.52-1.64	0.1929	152	0.1717	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.64-1.8	0.2268	138	0.1803	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.8-2.07	0.1749	169	0.1804	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.07-2.6	0.1967	159	0.1811	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.6-36.19	0.1786	163	0.1802	3022	X-RAY DIFFRACTION	96.52

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.389476637528	-0.129433964817	0.162308732831	0.322382558106	0.0435858841362	0.293955003097	0.0636549139008	-0.113676774364	0.0367602874952	0.240186376066	-0.0879319758257	0.0738792273961	-0.177236476201	0.0980715689361	0.000258999635594	0.161367130858	-0.0249647904324	-0.00591860246037	0.196029681207	0.0156785671088	0.130700041345	6.81636047408	17.5896807093	32.9187190335
2	0.102599444597	-0.212793127271	-0.0774494185547	0.667946380392	0.046288677398	0.175347042887	0.115094093819	-0.269700795536	0.00760672525788	0.188882335123	-0.367736574531	-0.198932506741	-0.506822884485	0.433016669876	-0.170146939879	0.239692471027	-0.0552217214282	-0.0316264453777	0.181077151639	0.0316747788216	0.1789005913	7.60731929603	29.5389207254	23.610604102
3	1.28288674519	-0.205696906315	0.370991302068	0.519938754605	-0.0487704175893	0.126963709424	0.189836377297	0.195475266923	-0.0552815050291	-0.134345282419	-0.219354612328	-0.306196811627	-0.0233327669149	0.518370788793	-0.0193769323219	0.211263497855	-0.0191544270627	0.00491120335612	0.198674633786	0.0553673231318	0.168415316406	6.44258411858	27.2016546893	15.2216278487
4	0.138674417888	0.0552216215999	0.16982914097	0.0220062640014	0.0895929696976	0.381772670413	0.0176524100997	0.290335639666	0.274345810382	-0.131865171738	0.29382922747	0.819031456256	0.13301847664	-0.415808322643	0.0196885180155	0.172834252595	0.00382664809655	0.00484012099559	0.192205768211	0.0674008826197	0.305668227743	-4.75335008328	25.8646138376	18.271057093
5	0.277738661611	-0.253681774987	0.261187309381	0.283134052038	-0.136892083276	0.157088177557	0.0450662042566	-0.0672709787498	-0.127629042719	-0.0796236692361	-0.052728222983	-0.0205348465693	0.142274167992	0.0738613325796	-0.000494877749204	0.140373041659	0.00398932923583	-0.0014260044203	0.188577589863	0.0234677191909	0.170164977465	5.71700079024	13.1011561792	23.3987333569
6	0.166272981518	-0.370841359082	0.25957035388	1.0817038074	-0.785211717159	1.03215574595	0.173210142474	-0.178843221042	0.171978630011	-0.306182544423	0.0378495046997	0.447404219688	0.177334366936	-0.15427710196	0.0468119781913	0.118838828371	-0.00955363381326	-0.00863316029668	0.167331464465	0.00406265415259	0.193137969141	-2.04415663693	14.4790386815	30.7721515222
7	0.071422970473	-0.0113420812677	-0.0592420995992	0.0423057683055	0.0598504669513	0.0772085247165	0.39187563878	-0.949942257497	-0.306051234031	0.790505494212	-0.1701957581	0.427333711713	0.0423911528088	-0.499690738019	0.000476540741693	0.348382909381	-0.0380293193073	0.0376861317411	0.308637485491	0.00342117683228	0.274022919802	-3.26868579586	24.2402030122	30.9545475415
8	0.212955232248	-0.0380455104482	-0.286265360106	0.0241638976843	0.00327097624348	0.418543304435	0.116299380033	-0.0360910985926	0.303051945297	0.109964728326	-0.0497770832602	0.610404839779	-0.305869483266	-0.556557442202	0.038719422401	0.189023037598	-0.00888018871712	0.0157313222068	0.182642705535	0.0124875953983	0.252157341626	-5.56509339984	23.472943124	24.0178594627
9	1.1956117017	-0.077123802504	-1.37850524325	0.457204649532	0.525294394898	2.51927474802	0.175055294657	0.303161660918	0.206164184932	0.15054104787	-0.0722662171815	0.563891112536	-0.239852242299	-0.937634183312	0.158288504866	0.313106073977	0.0523082638408	0.0580623468501	0.110919059401	0.028214553613	0.227320369394	-0.871669908156	32.5475780064	19.3902527542
10	0.0458667405645	-0.289859547161	0.0564039924317	2.54141113062	-0.550487186638	0.138745119227	-0.0904923189803	0.457988319982	0.00421693826751	-0.784498867726	-0.562455250531	-0.743553499015	-0.0742136330208	0.568480730383	-0.627455767802	0.199377900372	0.0340854987605	0.041227965723	0.404820860833	0.134165250188	0.267050848899	13.1203847598	20.1370190551	18.4163013492

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 323 through 337 )	A	A	323 - 337	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 338 through 343 )	A	A	338 - 343	16 - 21
3	3	chain 'A' and (resid 344 through 352 )	A	A	344 - 352	22 - 30
4	4	chain 'A' and (resid 353 through 360 )	A	A	353 - 360	31 - 38
5	5	chain 'A' and (resid 361 through 376 )	A	A	361 - 376	39 - 54
6	6	chain 'A' and (resid 377 through 385 )	A	A	377 - 385	55 - 63
7	7	chain 'A' and (resid 386 through 393 )	A	A	386 - 393	64 - 71
8	8	chain 'A' and (resid 394 through 399 )	A	A	394 - 399	72 - 77
9	9	chain 'A' and (resid 400 through 410 )	A	A	400 - 410	78 - 88
10	10	chain 'B' and (resid -4 through -1 )	B	B	-4 - -1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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