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- PDB-8g90: LaM domain of human LARP1 in complex with Sp phosphorothioate iso... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g90 | ||||||
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Title | LaM domain of human LARP1 in complex with Sp phosphorothioate isomer of AAAAA(SRA) RNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | RNA / Isoform 2 of La-related protein 1![]() | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kozlov, G. / Jiang, J. / Gehring, K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into RNA binding by the LaM domain of LARP1 Authors: Kozlov, G. / Jiang, J. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Gehring, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 70.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 41.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8g91C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11806.507 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 323-410 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 1946.343 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.86 Å3/Da / Density % sol: 33.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 28% (w/v) PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 27, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95371 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→50 Å / Num. obs: 31018 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 12.52 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 35.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.22 Å / Redundancy: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2236 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 67.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.2→26.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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