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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7soo | ||||||
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Title | LaM domain of human LARP1 | ||||||
![]() | Isoform 2 of La-related protein 1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Winged helix fold / RNA binding domain | ||||||
Function / homology | Isoform 2 of La-related protein 1![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of 3'-end poly(A) RNA recognition by LARP1. Authors: Kozlov, G. / Mattijssen, S. / Jiang, J. / Nyandwi, S. / Sprules, T. / Iben, J.R. / Coon, S.L. / Gaidamakov, S. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Maraia, R.J. / Gehring, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 63.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 37.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7sopC ![]() 7soqC ![]() 7sorC ![]() 7sosC ![]() 7sotC ![]() 7souC ![]() 7sovC ![]() 1zh5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11806.507 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 323-410 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.52154 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 12117 / % possible obs: 98.68 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 55.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1138 / Rsym value: 0.34 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1ZH5 Resolution: 1.65→36.18 Å / SU ML: 0.2214 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 25.4708 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→36.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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