PDB-8ey6: LaM domain of human LARP1 in complex with AAAAAG RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ey6

タイトル

LaM domain of human LARP1 in complex with AAAAAG RNA

要素

Isoform 2 of La-related protein 1
RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

RNA / Isoform 2 of La-related protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2024
タイトル: Enhanced binding of guanylated poly(A) RNA by the LaM domain of LARP1.
著者: Kozlov, G. / Jiang, J. / Rutherford, T. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Gehring, K.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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XML形式データ	8ey6_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	8ey6_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sowC 8ey7C 8ey8C 8g90C 8g91C 7sooS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of La-related protein 1

B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')

ヘテロ分子

14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.523, 46.187, 58.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1 分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPAPAPAPG)-3') 分子量: 1946.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.83 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 12601 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 26.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 629 / CC_1/2: 0.782 / R_sym value: 0.537 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SOO

7soo

解像度: 1.63→36.34 Å / SU ML: 0.2232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.1633
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	685	5.44 %
R_work	0.2086	11916	-
obs	0.2105	12601	97.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→36.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	714	77	15	33	839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	838
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9821	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	134
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.9827	144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.76	0.3167	151	0.2653	2330	X-RAY DIFFRACTION	98.34
1.76-1.93	0.246	139	0.216	2415	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.93-2.21	0.2801	133	0.1959	2405	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.21-2.79	0.2604	132	0.2219	2410	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.79-36.34	0.2175	130	0.2004	2356	X-RAY DIFFRACTION	91.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.41006364434	-0.685775165917	1.09096499527	5.32227447555	-2.41089035345	4.9376534532	0.0996518574045	-0.0374784825889	-0.236919575862	0.592975659709	-0.0270861370467	0.191099393396	-0.370634118084	0.154829992855	0.0209519143245	0.23068987823	-0.0473400225354	-0.00572670643218	0.317744891091	-0.00709574160589	0.234221207895	7.16482776769	17.3953639125	32.987084392
2	2.06625282916	0.65599889002	-1.28803609295	1.91701042451	-1.42673564833	1.99649418588	0.0728005872711	-0.0918042467794	0.277068351501	0.966854917847	-0.451165163622	-0.277547472023	-0.823548109569	0.245883777316	0.328801516963	0.352169838773	-0.0575430831942	-0.0757512243753	0.251057855042	0.0407103130576	0.304399551149	7.04732226807	29.3930289799	23.5849824171
3	1.75223482367	0.6310886296	-0.810221573814	2.84993304568	-0.778565409558	2.22452808418	0.136643405272	0.119021292634	0.181218595062	-0.104394410949	-0.0919809152651	0.27762765332	-0.205070586136	0.0424216400923	-0.0144497333342	0.19412719724	-0.0165408457718	-0.00148307424939	0.216987166718	0.0342470038801	0.234806521627	1.40820285624	24.1846515197	17.3042812261
4	1.39534111988	0.0120003608879	-0.271745026662	2.09747380675	-1.87745254231	1.85857954485	0.028201849716	0.134069464462	-0.141834720649	-0.126484466895	0.0115711753418	0.0828606219764	0.0801300046775	0.115989472186	0.000307499540817	0.236137637421	0.00817941944877	-0.00431740669215	0.375357829049	0.0117083189045	0.277269627974	7.99592901317	11.8566506585	24.6576268248
5	7.33844011591	-0.449011104738	0.464042477367	5.20016484661	-0.0335325660055	7.35664487467	0.156540738346	-0.379913289206	-0.0250264687317	0.0290504630752	0.167689316141	0.416205447069	0.161049121632	0.258770102492	-0.283997062074	0.184421798738	-0.0189921529905	-0.0063497200723	0.232115499614	0.0221484835408	0.269656217267	-1.61074656855	14.1788551416	30.6682803818
6	7.91517824911	3.59399175661	4.18189477614	3.97392022381	1.97869275918	5.17953077192	0.735022975832	-1.258164506	0.381524543442	0.744262778899	-0.349880444215	0.415961638886	-0.195822891992	-0.676475033284	-0.323133548787	0.381106442624	-0.0315727314583	0.0848399123384	0.337660529411	-0.0140910391303	0.326283176333	-3.51314190336	24.4608602689	30.375575259
7	2.6596171089	0.239478501603	-0.671189424854	3.94574355708	-0.686044969588	2.51672544017	0.128629745511	-0.229174110258	0.376248447945	0.121289511153	0.0384441806935	0.732978895873	-0.136500512581	-0.344913327524	-0.196069039751	0.227146957241	0.00366306817387	0.030394644011	0.223369093719	0.0319002438483	0.326018490048	-5.72135431497	22.3454562642	23.7500852993
8	5.82572747459	-0.214142148509	-0.165765446062	6.21104574555	-2.73381725936	1.41763996006	0.484583836051	-0.255242815461	0.458100030844	0.995372584916	0.212345841351	-0.414363169494	-0.019232541491	-0.148318333299	-0.726167047321	0.53281882731	0.0379315919708	0.080120814136	0.230233028765	-0.010051207755	0.322964476997	-2.53910368677	33.1467735153	24.9834479497
9	6.27730299445	-0.137418647878	-0.169050609794	4.32868531516	-1.94518340796	4.96567151769	0.431446872985	0.141946454601	-0.240380207384	-0.128373409398	-0.0936924946075	0.464382376881	0.339331602771	-0.116277645733	-0.461839208875	0.336780779926	0.0188198585313	-0.0235862951967	0.19095100523	0.0292893887232	0.295644213631	1.03004024473	30.9609210175	13.2985152093
10	2.98957716431	-2.04082552822	1.55935906002	3.1360375906	0.168622040108	2.97684321735	-0.193912945503	0.731343122013	-0.312860872033	-0.755005119314	-0.345987795808	-0.747220293115	-0.590861744351	1.9583788365	0.163196239015	0.356011393464	-0.0206682361617	0.0365769364029	0.649133964847	0.11204487671	0.465866782348	13.0926634316	20.3112073153	18.1751464811

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 322 through 337 )	A	A	322 - 337	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 338 through 343 )	A	A	338 - 343	17 - 22
3	3	chain 'A' and (resid 344 through 366 )	A	A	344 - 366	23 - 45
4	4	chain 'A' and (resid 367 through 376 )	A	A	367 - 376	46 - 55
5	5	chain 'A' and (resid 377 through 385 )	A	A	377 - 385	56 - 64
6	6	chain 'A' and (resid 386 through 393 )	A	A	386 - 393	65 - 72
7	7	chain 'A' and (resid 394 through 399 )	A	A	394 - 399	73 - 78
8	8	chain 'A' and (resid 400 through 405 )	A	A	400 - 405	79 - 84
9	9	chain 'A' and (resid 406 through 410 )	A	A	406 - 410	85 - 89
10	10	chain 'B' and (resid -4 through -1 )	B	B	-4 - -1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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