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万見
- PDB-8eoi: Structure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eoi
タイトルStructure of a human EMC:human Cav1.2 channel complex in GDN detergent
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 9
  • (Voltage-dependent L-type calcium channel subunit ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / endoplasmic reticulum membrane protein complex / voltage-gated calcium channel / holdase / biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / magnesium ion transport ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / magnesium ion transport / positive regulation of adenylate cyclase activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / positive regulation of muscle contraction / ferrous iron transmembrane transporter activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / copper ion transport / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / magnesium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / NCAM1 interactions / camera-type eye development / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion transport into cytosol / voltage-gated calcium channel complex / Phase 0 - rapid depolarisation / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / calcium channel regulator activity / positive regulation of endothelial cell migration / Regulation of insulin secretion / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / Z disc / positive regulation of angiogenesis / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / early endosome membrane / angiogenesis / perikaryon / early endosome / calmodulin binding / postsynaptic density / cilium / Golgi membrane / apoptotic process / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 ...ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Carbohydrate-binding-like fold / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen, Z. / Mondal, A. / Abderemane-Ali, F. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL080050 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)DC007664 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: EMC chaperone-Ca structure reveals an ion channel assembly intermediate.
著者: Zhou Chen / Abhisek Mondal / Fayal Abderemane-Ali / Seil Jang / Sangeeta Niranjan / José L Montaño / Balyn W Zaro / Daniel L Minor /
要旨: Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone ...Voltage-gated ion channels (VGICs) comprise multiple structural units, the assembly of which is required for function. Structural understanding of how VGIC subunits assemble and whether chaperone proteins are required is lacking. High-voltage-activated calcium channels (Cas) are paradigmatic multisubunit VGICs whose function and trafficking are powerfully shaped by interactions between pore-forming Ca1 or Ca2 Caα (ref. ), and the auxiliary Caβ and Caαδ subunits. Here we present cryo-electron microscopy structures of human brain and cardiac Ca1.2 bound with Caβ to a chaperone-the endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC)-and of the assembled Ca1.2-Caβ-Caαδ-1 channel. These structures provide a view of an EMC-client complex and define EMC sites-the transmembrane (TM) and cytoplasmic (Cyto) docks; interaction between these sites and the client channel causes partial extraction of a pore subunit and splays open the Caαδ-interaction site. The structures identify the Caαδ-binding site for gabapentinoid anti-pain and anti-anxiety drugs, show that EMC and Caαδ interactions with the channel are mutually exclusive, and indicate that EMC-to-Caαδ hand-off involves a divalent ion-dependent step and Ca1.2 element ordering. Disruption of the EMC-Ca complex compromises Ca function, suggesting that the EMC functions as a channel holdase that facilitates channel assembly. Together, the structures reveal a Ca assembly intermediate and EMC client-binding sites that could have wide-ranging implications for the biogenesis of VGICs and other membrane proteins.
履歴
登録2022年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ER membrane protein complex subunit 1
B: ER membrane protein complex subunit 2
C: ER membrane protein complex subunit 3
E: ER membrane protein complex subunit 5
F: ER membrane protein complex subunit 6
G: ER membrane protein complex subunit 7
H: ER membrane protein complex subunit 8
I: ER membrane protein complex subunit 10
K: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C
J: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
D: ER membrane protein complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,94516
ポリマ－481,90611
非ポリマー2,0395
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ER membrane protein complex subunit ... , 9種, 9分子 ABCEFGHID

#1: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 109598.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC1, KIAA0090, PSEC0263 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N766
#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2 / Tetratricopeptide repeat protein 35 / TPR repeat protein 35


分子量: 34250.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC2, KIAA0103, TTC35 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15006
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Transmembrane protein 111


分子量: 29722.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC3, TMEM111 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0I2
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 5 / Membrane magnesium transporter 1 / Transmembrane protein 32


分子量: 11425.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMGT1, EMC5, TMEM32 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4V1
#5: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 93


分子量: 11014.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC6, TMEM93 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV81
#6: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 7


分子量: 13151.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC7, C11orf3, C15orf24, HT022, UNQ905/PRO1926 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPA0
#7: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 8 / Neighbor of COX4 / Protein FAM158B


分子量: 23578.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: EMC8, C16orf2, C16orf4, COX4AL, COX4NB, FAM158B, NOC4
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43402
#8: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 10 / Hematopoietic signal peptide-containing membrane domain-containing protein 1


分子量: 17003.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC10, C19orf63, INM02, UNQ764/PRO1556 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5UCC4
#11: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4 / Cell proliferation-inducing gene 17 protein / Transmembrane protein 85


分子量: 18790.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC4, TMEM85, HSPC184, PIG17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5J8M3

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Voltage-dependent L-type calcium channel subunit ... , 2種, 2分子 KJ

#9: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.2


分子量: 176678.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA1C, CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13936
#10: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / CAB3 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 3


分子量: 36692.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNB3, CACNLB3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54286

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糖 , 2種, 4分子

#12: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1分子

#14: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H56O5 / コメント: 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of the human ER membrane protein complex (EMC) with human CaV alpha1C and rabbit CaV beta3COMPLEX#1-#110MULTIPLE SOURCES
2Human CaV alpha1CCOMPLEX#91RECOMBINANT
3ER membrane protein complex subunit 1COMPLEX#11RECOMBINANT
4Rabbit CaV beta3COMPLEX#101RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11
220.187 MDaYES
330.112 MDaYES
440.1 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Oryctolagus cuniculus (ウサギ)9986
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 487067 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229381
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47439827
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.4410754
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044513
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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