PDB-8eo5: Crystal structure of the class A beta-lactamase precursor LRA-5 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eo5

タイトル

Crystal structure of the class A beta-lactamase precursor LRA-5 from an Alaskan soil metagenome at 1.8 Angstrom resolution

要素

LRA-5

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-lactamase precursor / environmental resistome / soil metagenome

機能・相同性

Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / beta-lactam antibiotic catabolic process / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / response to antibiotic / LRA-5

機能・相同性情報

生物種

uncultured soil bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Power, P. / D'Amico Gonzalez, G. / Centron, D. / Gutkind, G. / Handelsman, J. / Klinke, S.

資金援助

アルゼンチン, 2件

組織	認可番号	国
National Scientific and Technical Research Council (CONICET)	11220200100191CO	アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)	PICT-2018 01550	アルゼンチン

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Playing beta-Lactamase Evolution: Metagenomic Class A beta-Lactamase LRA-5 is an Inactive Enzyme Capable of Rendering an Active beta-Lactamase by Introduction of Y69Q and V166E Substitutions
著者: D'Amico Gonzalez, G. / Handelsman, J. / Centron, D. / Gutkind, G. / Klinke, S. / Power, P.

履歴

登録	2022年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eo5.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eo5.ent.gz	91.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8eo5_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eo5_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	8eo5_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	8eo5_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8eo6C 8eo7C 1e25S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LRA-5

B: LRA-5

ヘテロ分子

62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LRA-5

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LRA-5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.270, 162.620, 71.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-514- HOH

#1: タンパク質	LRA-5 分子量: 30977.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured soil bacterium (環境試料) 遺伝子: blaLRA-5, AKSOIL_0013 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5L5W7
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: long bars
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 13% PEG 20,000 + 0.1M Tris pH 8.2 + 0.1 M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日詳細: convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980112 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.94 Å / Num. obs: 80573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 15.57
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 13.77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 12790 / CC_1/2: 0.556 / R_rim(I) all: 2.172 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 1.0E+25 / 解像度: 1.8→48.94 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	4027	5 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1903	80557	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4035	0	8	271	4314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	4109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.474	5586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.38	584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3871	134	0.3578	2538	X-RAY DIFFRACTION	97
1.82-1.84	0.2814	137	0.2896	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.3011	138	0.278	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.89	0.3028	135	0.2678	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2731	139	0.2668	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2761	138	0.2535	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2407	137	0.236	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2413	137	0.218	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.04	0.2892	137	0.2215	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2234	138	0.2137	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2627	139	0.2013	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2194	137	0.1997	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2224	137	0.194	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.2167	139	0.189	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.29	0.2289	139	0.1938	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.2424	137	0.1898	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.2504	138	0.1957	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.48	0.1926	139	0.1937	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.56	0.221	140	0.1869	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.66	0.2165	137	0.1914	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.76	0.2149	139	0.1927	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.89	0.2075	139	0.1929	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.04	0.2338	140	0.1932	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.23	0.2194	142	0.2029	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.48	0.2284	138	0.1972	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.83	0.2004	142	0.1803	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.39	0.1819	142	0.154	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-5.52	0.2093	144	0.1606	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-48.94	0.1683	149	0.1639	2864	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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