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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eno | ||||||||||||
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タイトル | Homocitrate-deficient nitrogenase MoFe-protein from A. vinelandii nifV knockout in complex with NafT | ||||||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / nitrogenase / nitrogen fixation / reductase / MoFe | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å | ||||||||||||
![]() | Warmack, R.A. / Maggiolo, A.O. / Rees, D.C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural consequences of turnover-induced homocitrate loss in nitrogenase. 著者: Rebeccah A Warmack / Ailiena O Maggiolo / Andres Orta / Belinda B Wenke / James B Howard / Douglas C Rees / ![]() 要旨: Nitrogenase catalyzes the ATP-dependent reduction of dinitrogen to ammonia during the process of biological nitrogen fixation that is essential for sustaining life. The active site FeMo-cofactor ...Nitrogenase catalyzes the ATP-dependent reduction of dinitrogen to ammonia during the process of biological nitrogen fixation that is essential for sustaining life. The active site FeMo-cofactor contains a [7Fe:1Mo:9S:1C] metallocluster coordinated with an R-homocitrate (HCA) molecule. Here, we establish through single particle cryoEM and chemical analysis of two forms of the Azotobacter vinelandii MoFe-protein - a high pH turnover inactivated species and a ∆NifV variant that cannot synthesize HCA - that loss of HCA is coupled to α-subunit domain and FeMo-cofactor disordering, and formation of a histidine coordination site. We further find a population of the ∆NifV variant complexed to an endogenous protein identified through structural and proteomic approaches as the uncharacterized protein NafT. Recognition by endogenous NafT demonstrates the physiological relevance of the HCA-compromised form, perhaps for cofactor insertion or repair. Our results point towards a dynamic active site in which HCA plays a role in enabling nitrogenase catalysis by facilitating activation of the FeMo-cofactor from a relatively stable form to a state capable of reducing dinitrogen under ambient conditions. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 331.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 115.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28275MC ![]() 8crsC ![]() 8dbxC ![]() 8enlC ![]() 8enmC ![]() 8ennC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 54000.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 59404.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#3: タンパク質 | 分子量: 14847.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 9分子 ![](data/chem/img/ICS.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CIT / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Heterotetrameric nitrogenase MoFe-protein in complex with NafT isolated from nifV mutant strain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 濃度: 2.41 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99332 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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