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- PDB-8emk: Crystal structure of HLA-B*35:01-NP3 epitope from 1957 H2N2 influ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8emk
タイトルCrystal structure of HLA-B*35:01-NP3 epitope from 1957 H2N2 influenza strain
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Nucleoprotein NP3 epitope
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 EPITOPE / INFLUENZA / INFLUENZA A / T CELL IMMUNITY / HOST-VIRUS INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex ...helical viral capsid / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / host cell / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66523002948 Å
データ登録者Littler, D.R. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors
著者: Quinones-Parra, S.M. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Nucleoprotein NP3 epitope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9285
ポリマ－44,8823
非ポリマー462
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.821, 81.523, 109.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4NBT2
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein NP3 epitope / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 1062.302 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 418-426 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (strain A/Singapore/1/1957 H2N2) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: P26072
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, NA ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→43.1 Å / Num. obs: 56575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.3947837952 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 5266 / CC1/2: 0.902 / Rrim(I) all: 0.294

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LKS

3lks


解像度: 1.66523002948→37.1906724331 Å / SU ML: 0.163962894761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35136557892 / 位相誤差: 20.374197021
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206103662857 2661 4.95106612585 %Random selection
Rwork0.178364423801 51085 --
obs0.179734865897 53746 99.7716683064 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.7160009398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66523002948→37.1906724331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3157 0 2 416 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01390298009553257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.510940775544429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792041339056452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00936557403948586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.45503856471220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.666-1.69550.2605427778451140.2419274085982599X-RAY DIFFRACTION96.4450764309
1.6955-1.72810.273913158381440.2239957549952629X-RAY DIFFRACTION100
1.7281-1.76340.2457729640531380.2151084794272655X-RAY DIFFRACTION100
1.7634-1.80170.2329910490631340.2071799754422660X-RAY DIFFRACTION99.9284692418
1.8017-1.84360.2579201780221400.2109430161732680X-RAY DIFFRACTION100
1.8436-1.88980.2514204540011380.2032885376242665X-RAY DIFFRACTION100
1.8898-1.94080.2274014582691350.1908234741552667X-RAY DIFFRACTION99.9643239386
1.9408-1.9980.2214412536371410.1869443662262638X-RAY DIFFRACTION99.8921639109
1.998-2.06240.1941331769011260.1832788027652696X-RAY DIFFRACTION99.9291784703
2.0624-2.13610.2261819646611430.1843542659192684X-RAY DIFFRACTION99.9646393211
2.1361-2.22170.2274719832491440.1841423018252638X-RAY DIFFRACTION99.9281609195
2.2217-2.32280.2152408037291420.1784907967592698X-RAY DIFFRACTION100
2.3228-2.44520.2245883094161360.1859210880152682X-RAY DIFFRACTION100
2.4452-2.59840.2485635014341660.1867610735612679X-RAY DIFFRACTION100
2.5984-2.79890.2174920545461640.1871333662582698X-RAY DIFFRACTION100
2.7989-3.08050.2141101906961350.17856128182698X-RAY DIFFRACTION100
3.0805-3.52590.1913767874061270.1651809915522760X-RAY DIFFRACTION100
3.5259-4.44110.1509694306841610.1535906921612741X-RAY DIFFRACTION100
4.4411-37.10.1705972039121330.1572400983842918X-RAY DIFFRACTION99.6082272282
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0727520213122-0.05581477767190.01079858672270.0519180617699-0.0178828716430.05222834337140.0634703675409-0.03412180764240.07915739748630.0818647160382-0.0449300855790.05115219729460.00918971211347-0.0269683103849-0.002454190287470.0631498996953-0.01296280611530.02326543690090.060753179757-0.0296260827140.0681231442501-10.4509428164-5.517090808330.2676252006
20.3324524762980.2509960612340.1391276670840.6395905310260.0608913995060.2140509429720.0481773080491-0.273552780152-0.2606393408510.224130654838-0.0645200065022-0.3921515558290.0219389639053-0.0508692205903-0.0003076419974570.09637003089-0.0207608762049-0.0312145923790.003031301698340.0207195543420.0636150094222-0.944060732284-15.865466768730.8709642493
30.1748957056660.0229505171190.1561556421290.09178795306340.0830186198940.132097375104-0.04014615969180.07402794657130.0872045712213-0.05285656295350.04555472953050.1921785521340.1817905414060.00470101693989-0.009300096187350.111579324712-0.0405413127656-0.07481337096550.127026935489-0.000546142936350.0420426157272-25.9197048626-15.3574766693.74859607895
40.0602648730137-0.002024063015130.01140296966630.1606781918830.05219139566780.0209254417906-0.08909613822480.005708642904980.0322751836384-0.159399949977-0.01045432533970.130302837543-0.01195099135160.0489072948096-0.004614297591170.144891206921-0.034550362441-0.0255245571860.1426860938340.03348469253830.0607582106077-9.49910412287-3.512227744598.77666286231
50.00266602824129-0.0004957026497670.004603939539640.000149514404888-0.002479857673130.00536509998762-0.01730857123190.01274940572860.000156966865003-0.0139968560267-0.01108819330020.0164058326466-0.0164207622415-0.0262150313906-0.007189325717590.04257715825140.0455132987216-0.1647145834010.218596027090.02252792952520.311568500663-32.55352780162.4202815499710.1369196038
60.03567167921030.00450314375845-0.04010913366460.006415007701170.003379169585680.0742868051741-0.1353113372170.04763911935910.118773777718-0.1580587496070.01074914922150.158964239697-0.1105694055250.0130013631727-0.03874206566610.135192155829-0.00107750183182-0.08101047237250.09556333644340.01648566912790.168759430778-13.39867607352.5929824848513.128837662
70.00253948663396-0.00298904704040.005043767402890.00468619789167-0.007905448802680.01916087879020.0187025522801-0.01472349941540.0163167098763-0.01925400516460.0008230363238490.00211670104485-0.01779606507780.01615711651127.47498996328E-50.265114649512-0.00381776939451-0.1544074377510.1217122583230.03414815231050.278297168062-17.592776393715.31212352589.53633155508
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90.02571365543940.0183996130104-0.02218732943750.00807902618515-0.007900341019260.0492588127748-0.04268070654180.01441331337850.0664840416866-0.08506328444520.02163011545490.1527630392490.0127357378964-0.0519799294669-0.01532715921840.07932373724040.00103103009778-0.04307560531270.0755298529356-0.004298869102130.0979380378178-13.1244010301-3.0792917766117.6688977984
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 56 )A1 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 174 )A57 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 175 THROUGH 276 )A175 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 11 )B1 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 12 THROUGH 19 )B12 - 19
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 41 )B20 - 41
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 42 THROUGH 46 )B42 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 51 )B47 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 52 THROUGH 71 )B52 - 71
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 72 THROUGH 90 )B72 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 91 THROUGH 99 )B91 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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