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Yorodumi- PDB-8enh: Cross-reactive 3180 TCR recognition of HLA-B*35:01-NP7 epitope fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8enh | ||||||
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Title | Cross-reactive 3180 TCR recognition of HLA-B*35:01-NP7 epitope from 2002 H3N2 influenza strain | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 EPITOPE / T CELL IMMUNITY / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.50003195312 Å | ||||||
Authors | Littler, D.R. / Rossjohn, J. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors Authors: Quinones-Parra, S.M. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8enh.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8enh.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8enh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/8enh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/8enh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8emfC 8emgC 8emiC 8emjC 8emkC 8en8C 8eo8C 3lksS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 8 molecules AFKPBGLQ
#1: Protein | Mass: 31940.246 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-B / Plasmid: PET30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: F4NBT2 #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: PET30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P61769 |
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-3180 TCR alpha ... , 2 types, 8 molecules DINSEJOT
#4: Protein | Mass: 22731.090 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRAV13 / Plasmid: PET30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #5: Protein | Mass: 27591.828 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PET30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) |
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-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 1233 molecules CHMR
#3: Protein/peptide | Mass: 1066.291 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Influenza A virus (strain A/2002/H3N2) #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG, ACETATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95365 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95365 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→49.5 Å / Num. obs: 156773 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.3228614943 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 15158 / CC1/2: 0.811 / Rrim(I) all: 0.406 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LKS Resolution: 2.50003195312→49.4650206136 Å / SU ML: 0.299282280684 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97142969778 / Phase error: 24.1366813186 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.3384083318 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.50003195312→49.4650206136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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