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- PDB-8en8: Cross-reactive 3180 TCR recognition of HLA-B*35:01-NP4 epitope fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8en8 | ||||||
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Title | Cross-reactive 3180 TCR recognition of HLA-B*35:01-NP4 epitope from 1972 influenza strain | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 EPITOPE / T CELL IMMUNITY / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE | ||||||
Function / homology | ![]() helical viral capsid / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...helical viral capsid / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Littler, D.R. / Rossjohn, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors Authors: Quinones-Parra, S.M. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K. | ||||||
History |
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Related structure data | ![]() 8emfC ![]() 8emgC ![]() 8emiC ![]() 8emjC ![]() 8emkC ![]() 8enhC ![]() 8eo8C ![]() 3lksS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 8 molecules AFBGDIEJ
#1: Protein | Mass: 31940.246 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 22704.129 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 27520.750 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 471 molecules CH![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Protein/peptide | Mass: 1052.265 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() References: UniProt: Q08041 #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→27.2 Å / Num. obs: 65736 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 46.2104378326 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6466 / CC1/2: 0.702 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3LKS Resolution: 2.70001191123→27.1962626061 Å / SU ML: 0.325826636756 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34868867294 / Phase error: 24.4109587079 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Displacement parameters | Biso mean: 83.2517618709 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.70001191123→27.1962626061 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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