PDB-8emj: Crystal structure of HLA-B*35:01-NP9 epitope from 2006 H1N1 influ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8emj

タイトル

Crystal structure of HLA-B*35:01-NP9 epitope from 2006 H1N1 influenza strain

要素

Beta-2-microglobulin
MHC class I antigen
Nucleoprotein NP9 epitope

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / T cell immunity / glycoprotein / host-virus interaction / immune response

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75002880736 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors
著者: Quinones-Parra, S. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emj.cif.gz	205.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emj.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8emfC 8emgC 8emiC 8emkC 8en8C 8enhC 8eo8C 3lksS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MHC class I antigen

B: Beta-2-microglobulin

C: Nucleoprotein NP9 epitope

44.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.919, 81.737, 109.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / Variant: 3501 / プラスミド: PET-20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4NBT2
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein NP9 epitope / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 1020.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Influenza A virus (strain A/2006/H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG, Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→24.8 Å / Num. obs: 46767 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 16.9172395997 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4567 / CC_1/2: 0.888 / R_rim(I) all: 0.326

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LKS

3lks

解像度: 1.75002880736→24.797072884 Å / SU ML: 0.189764561939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35597307965 / 位相誤差: 21.2686681205
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213573953668	2341	5.00673695917 %
R_work	0.171749861358	44416	-
obs	0.173853733974	46757	99.8846424986 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.9992744442 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75002880736→24.797072884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3162	0	0	463	3625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134792676746	3279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.51925308469	4461
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114395975595	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0100539489728	590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.093111476	1228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.751-1.7857	0.306064084665	118	0.245223371116	2537	X-RAY DIFFRACTION	98.7723214286
1.7857-1.8246	0.240231520989	110	0.225465621719	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.9633027523
1.8246-1.867	0.27892560487	117	0.214072958995	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.9629217649
1.867-1.9137	0.230520171712	130	0.203027589319	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.9633699634
1.9137-1.9654	0.278280268574	149	0.193545465861	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.9633431085
1.9654-2.0232	0.268232579539	162	0.180919812879	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.8894620486
2.0232-2.0885	0.239495236601	139	0.186049109736	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.9265785609
2.0885-2.1631	0.235210278807	143	0.182788626167	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1631-2.2496	0.227080560852	120	0.180081844483	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.9634903249
2.2496-2.3519	0.21792305113	139	0.171845812869	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.9635169646
2.3519-2.4758	0.247557656025	144	0.174932594311	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4758-2.6308	0.210215228385	133	0.172478054304	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6308-2.8336	0.237153288204	134	0.174919448174	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.9638597759
2.8336-3.1183	0.239314231835	160	0.169029729835	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.963898917
3.1183-3.5684	0.181760186539	145	0.159337371102	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5684-4.4914	0.161102732263	133	0.138947800151	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.8579040853
4.4914-24.7	0.168517119167	165	0.161020046679	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.9325008437

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0779821300598	-0.0868511748047	0.0163958607774	0.0927572520786	-0.0244530706557	0.122608709834	0.0611665678181	-0.0657782464062	0.0961742348615	0.0492483023362	-0.0411263929804	0.0169988667049	-0.0336940882757	-0.0427211551037	0.0352460180515	0.079079464513	-0.0176588393627	0.0173241484959	0.0807110216613	-0.0236555242443	0.0761113356685	-10.239829765	-5.6952489868	30.4999894843
2	0.242179608647	0.00839258123037	-0.0713808134945	0.791897902473	-0.199893514106	0.242938188324	0.0191289354024	-0.111520719823	-0.00912813359537	0.224806726766	-0.128961682603	-0.208630275657	0.0188913530111	-0.0460494902829	-0.182295588379	0.131886135935	-0.0359512349904	-0.0351702990823	0.136572191705	-0.0366710078089	0.0289641669319	0.15207109816	-6.65818472023	36.256558315
3	0.0907175982624	-0.128785419249	-0.0489653625797	0.146868538341	0.0573260257174	0.0424502605929	-0.0421044172163	0.0525179347363	-0.109726951323	-0.0132223626265	0.0333696177562	-0.0994825318937	0.0712443322743	0.000158915393686	-0.000233285836701	0.0684661571683	-0.0114519324045	0.0044773663373	0.0494892890184	0.00787671188617	0.0935689091273	-1.79864552587	-16.0750328993	25.4592637935
4	0.322534327712	0.39456149374	-0.0799900013631	0.515029018971	-0.0533646139153	0.187625593645	0.00642021959874	-0.0499440889399	-0.240264948461	0.0900283529295	-0.0267125967631	-0.30243418436	0.0834515486044	-0.00830082061555	0.0141087820783	0.0736428244345	0.00152452165433	-0.0172688138086	0.0584167786366	0.0439745734219	0.12182010544	-1.01809840474	-21.3774109979	31.5438557716
5	0.136645400737	0.0568714792216	0.134604889768	0.135749087846	-0.0585295999554	0.219776365642	0.0690768044508	0.0387006860747	-0.0147186813681	-0.132915655346	0.153100100323	0.166935223644	0.183917756436	0.0712946709536	0.252769884322	0.1663799314	-0.0192809085096	-0.0630335287331	0.148176828881	-0.0153182139386	0.0865842649676	-25.6159298988	-15.1475503295	4.53029311522
6	0.0630548322285	0.0100635761066	0.0813236113612	0.0767213368769	0.0160961566275	0.106026978762	0.0611849269195	0.0461528208505	-0.0381275705166	-0.0402013430349	0.0841755452356	0.127656819408	0.272891344246	-0.0589499542925	0.165660626853	0.0995873857669	-0.0755771713748	-0.188208705586	0.133422452728	-0.0430271521964	-0.0622380808454	-26.6133152077	-15.5984645621	3.24176694061
7	0.0293945294193	0.0450959089611	0.0170960882578	0.170459921887	0.0243865124386	0.0114589425162	-0.0639205642814	0.0135797893197	0.0367346084524	-0.1439143975	0.0149562839859	0.0707904060499	0.00862632722282	0.0254592209613	0.00418816010871	0.15072946409	-0.0156138162096	0.0054169109988	0.162280076205	0.00721052316188	0.0850706203076	-7.85757865945	-3.79587214425	9.4351359358
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12	0.0125994447765	-0.00418347628346	-0.00269119414156	0.0156666886251	0.0151509880367	0.0297036005219	-0.0412398207656	0.0930504932426	0.0954149029351	-0.183327412759	0.00338599210005	0.105529787207	-0.0846127530061	-0.00376791255363	-0.0233279366971	0.211197276438	-0.0250721297559	-0.0628886235858	0.169269240702	0.0759613977179	0.202192060182	-13.9609512432	7.7119653017	5.86163795348
13	0.0033539677753	-0.0013383764584	0.00458759461745	0.000710292936829	-0.00322421475947	0.011386699336	0.0290678761625	0.0210001425705	-0.0121273476002	-0.0846986044708	0.00306410929172	0.0110427613579	0.00534264337915	-0.00240310394382	0.00246965604039	0.270410186092	-0.0563452269388	-0.128331510586	0.239666788557	0.0805275325689	0.228999905013	-20.0963066671	2.41049829328	2.49144705027
14	0.00531924351167	0.000269443615314	0.000992653351616	-0.000458904516734	0.00132831224173	0.00104913929354	-0.0100193610622	-0.0266495834234	-0.00899652811693	0.0326722005527	-0.0303024709484	-0.0816082997559	0.000175505555511	-0.0208697962015	7.46707447164E-6	0.128242034327	-0.0124931786361	-0.0120618744953	0.155277448893	0.0326775634974	0.137185640107	-0.0141346861789	-14.3447691512	36.8444369708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 174 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 227 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 228 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 11 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 41 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 72 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 91 through 99 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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