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- PDB-8emj: Crystal structure of HLA-B*35:01-NP9 epitope from 2006 H1N1 influ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8emj | ||||||
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Title | Crystal structure of HLA-B*35:01-NP9 epitope from 2006 H1N1 influenza strain | ||||||
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Function / homology | ![]() positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Littler, D.R. / Rossjohn, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors Authors: Quinones-Parra, S. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 205.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 142.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8emfC ![]() 8emgC ![]() 8emiC ![]() 8emkC ![]() 8en8C ![]() 8enhC ![]() 8eo8C ![]() 3lksS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31940.246 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | ![]() Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 1020.242 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.56 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG, Acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.75→24.8 Å / Num. obs: 46767 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.9172395997 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 17.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4567 / CC1/2: 0.888 / Rrim(I) all: 0.326 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3LKS Resolution: 1.75002880736→24.797072884 Å / SU ML: 0.189764561939 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35597307965 / Phase error: 21.2686681205 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.9992744442 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75002880736→24.797072884 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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