PDB-8emi: Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP8 epitope from 2005 H1N1 inf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8emi

タイトル

Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP8 epitope from 2005 H1N1 influenza strain

要素

Beta-2-microglobulin
MHC class I antigen
Nucleoprotein NP8 epitope

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / T cell immunity / glycoprotein / host-virus interaction / immune response

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57301511861 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors
著者: Quinones-Parra, S. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emi.cif.gz	209 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emi.ent.gz	146 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8emfC 8emgC 8emjC 8emkC 8en8C 8enhC 8eo8C 3lksS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MHC class I antigen

B: Beta-2-microglobulin

C: Nucleoprotein NP8 epitope

ヘテロ分子

45 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.869, 81.528, 109.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 詳細 (発現宿主): PET-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4NBT2
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein NP8 epitope / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 1036.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Influenza A virus (strain A/2005/H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→37.3 Å / Num. obs: 63452 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 17.4671780787 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.57→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 6187 / CC_1/2: 0.854 / R_rim(I) all: 0.394

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LKS

3lks

解像度: 1.57301511861→37.2283178519 Å / SU ML: 0.15412053064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35665517843 / 位相誤差: 20.802747564
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207687528264	3233	5.09575222634 %
R_work	0.175811318544	60212	-
obs	0.177453306722	63445	99.3579202882 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.855464759 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57301511861→37.2283178519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3155	0	8	512	3675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0138394750619	3313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.49545872487	4512
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0822127327512	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0100898137321	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5155977979	1241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.5965	0.297430411437	134	0.248210377741	2508	X-RAY DIFFRACTION	96.8120190546
1.5965-1.6214	0.269183055766	160	0.231099940382	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.780058651
1.6214-1.648	0.2280670841	137	0.224162951423	2549	X-RAY DIFFRACTION	97.6727272727
1.648-1.6764	0.255064624131	137	0.212424915227	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.9633027523
1.6764-1.7069	0.224641641242	145	0.202988260237	2560	X-RAY DIFFRACTION	98.0427691192
1.7069-1.7398	0.228395216043	135	0.204027464584	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.8538011696
1.7398-1.7753	0.254860601002	140	0.204284347765	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.510715583
1.7753-1.8139	0.237914552415	144	0.205414926499	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.1645477661
1.8139-1.8561	0.285115521415	127	0.211478661841	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.561723886
1.8561-1.9025	0.216485065979	140	0.199686194969	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.0441176471
1.9025-1.9539	0.192059098564	149	0.18522614715	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.533045977
1.9539-2.0114	0.22662573058	142	0.181391845944	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.7084548105
2.0114-2.0763	0.208273042981	116	0.178474676671	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.4207096307
2.0763-2.1505	0.225552577217	143	0.17528307611	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.6391194515
2.1505-2.2366	0.224585586909	139	0.174179238585	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.6767241379
2.2366-2.3384	0.203163340059	156	0.173104391486	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.7829232996
2.3384-2.4617	0.208209095215	154	0.17488374879	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.9280834232
2.4617-2.6158	0.202448141117	144	0.170012165157	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.8920086393
2.6158-2.8178	0.219914452203	134	0.177045790744	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8178-3.1012	0.218068933083	116	0.172910813333	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9644886364
3.1012-3.5496	0.190410140633	141	0.16503062717	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.9645390071
3.5496-4.471	0.16616203658	157	0.149321879498	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.9297999298
4.471-37.2	0.193005303181	143	0.16505605473	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.3668777074

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.42200731606	-0.494041258219	-0.250003055191	1.20786225652	-0.0140306315101	0.243265399607	0.040341121962	0.124818449098	-0.0883431314751	-0.130936903071	-0.0392711568141	0.138887112572	0.0177376354579	0.00159815112323	-0.00156570477162	0.0954550779608	0.00856025757295	-0.020085411394	0.086067196983	-0.00108789300601	0.0550077818073	29.4085982277	68.6407923492	78.6424504444
2	0.346605186452	0.113486876774	0.64577761631	0.186742779977	-0.368442080605	0.711602634697	0.00334795051648	-0.0714156854158	0.0327236119819	0.0760926252803	0.0151515102613	-0.100563410448	0.114628748572	-0.0398955486195	0.00118662368498	0.186114574609	0.0273690612551	-0.0350069020891	0.183447500868	0.0114388322735	0.137322869052	51.3402507727	66.1390215167	105.605354455
3	0.00850213975089	-0.0258611545193	0.00787685206962	0.12806089926	-0.084723651691	0.0553237507532	-0.0643639699227	0.0175850994747	0.0872031180371	0.285925500216	0.0488469305922	-0.0847241676479	-0.0497323594928	-0.00945469428386	-1.59743192866E-7	0.225670215533	0.0360255176079	-0.0144746492352	0.186445788067	-0.024865726625	0.14687810694	34.7509067081	78.0872326068	100.342369029
4	0.0117660252005	-0.0412178525665	-0.0124393599973	0.149787097549	0.0531593334284	0.0260178727036	0.021586022604	0.0688866877202	0.120847904599	0.0235309612981	-0.028634857064	-0.264501936084	-0.12194321044	0.120991126202	-0.0014610177921	0.220170759181	-0.025084591867	-0.12795670099	0.291609251658	-0.0652057060321	0.412141381963	57.6509944726	83.7616119605	98.894540084
5	0.0182258856537	0.0085809885927	-0.003964797338	0.051398494657	-0.142684404105	0.236069485389	-0.272942991403	-0.151567602053	0.252069501677	0.067460069431	0.0779569039383	-0.0983114092561	-0.125811584042	-0.000572345357646	-0.0010960421239	0.209622640675	0.00744728016345	-0.069897200092	0.165707346854	-0.0274089499521	0.210655539614	38.722287496	84.015314352	95.967069545
6	0.004129428204	-0.0019915501093	0.00345944978473	0.00649441045209	0.00457088191611	0.0127476575942	0.158986237605	0.0272639952238	0.106435987569	0.13875580047	-0.0104989361354	0.0472655677057	-0.0755590060745	-0.0111686360622	4.05245870834E-5	0.325956699768	-0.00317427477775	-0.114682180956	0.221220506433	-0.0867199170842	0.461469968531	42.8929759551	96.8212943323	99.4329238966
7	0.00198025613713	0.00442334331662	-0.000410451612781	0.0152917071612	0.000636270950967	-0.00191924884928	0.00163664953146	0.145383524209	0.0934990299373	-0.0627337919815	-0.0195254413374	-0.0498835677547	-0.175401972291	-0.00320972557895	3.44780224879E-5	0.298059525865	-0.0195829299133	-0.0653793936785	0.176046529346	0.0399781204215	0.310867089975	42.8120111138	90.8404507334	88.8100620867
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11	0.0418640428196	0.0228774754553	-0.0679052990783	0.075618045483	-0.0493080316897	0.119068332793	0.00266832111602	-0.188830979137	-0.0363317349524	0.222420856069	-0.0986421142911	-0.128372297919	-0.0397681886662	0.134622015256	-0.127899891991	0.394269767011	0.0486264128952	-0.164175103042	0.308587322687	-0.0992539046003	0.260708332618	45.5234954363	83.894717267	106.823097045
12	0.00620931403023	-0.000816012442614	0.00473219686335	-0.0110827995456	0.015876817703	-0.00629699055741	-0.0282939905966	0.17423778904	0.039385322834	-0.158762977316	0.00793208994625	0.234637759412	0.000100079299091	-0.0392616700486	6.72553303882E-6	0.194962130342	-0.00605811521681	-0.0280914386713	0.230639715057	-0.0140516041079	0.205132862383	25.468635581	67.2326708423	72.828661831

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 174 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 276 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 11 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 46 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 47 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 72 through 77 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 78 through 90 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 91 through 99 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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