PDB-8emg: Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP7 epitope from 2002 H2N1 inf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8emg

タイトル

Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP7 epitope from 2002 H2N1 influenza strain

要素

Beta-2-microglobulin
MHC class I antigen
Nucleoprotein NP7 epitope

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / T cell immunity / glycoprotein / host-virus interaction / immune response

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83001273614 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors
著者: Quinones-Parra, S. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emg.cif.gz	206.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emg.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8emg_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8emg_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	8emg_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8emg_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8emfC 8emiC 8emjC 8emkC 8en8C 8enhC 8eo8C 3lksS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MHC class I antigen

B: Beta-2-microglobulin

C: Nucleoprotein NP7 epitope

ヘテロ分子

44.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.167, 81.925, 110.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4NBT2
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein NP7 epitope / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 1066.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Influenza A virus (strain A/2002/H2N1) (A型インフルエンザウイルス)
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→26.51 Å / Num. obs: 41590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 17.025484263 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.83→1.9 Å / Num. unique obs: 4007 / CC_1/2: 0.922

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LKS

3lks

解像度: 1.83001273614→26.5092609039 Å / SU ML: 0.159206728737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37346989447 / 位相誤差: 19.0562960228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205591114811	2133	5.12925333654 %
R_work	0.168928875839	39452	-
obs	0.170824965487	41585	99.7337874137 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.0844772991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83001273614→26.5092609039 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3165	0	4	441	3610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102946698541	3275
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.48827579002	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.10498189847	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076143698686	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0539608011	1230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.831-1.8726	0.276576651641	126	0.228287190912	2514	X-RAY DIFFRACTION	96.3152134258
1.8726-1.9194	0.213941197922	132	0.198338895952	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.9630040696
1.9194-1.9713	0.188286564914	128	0.177380190787	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9713-2.0293	0.211076634584	160	0.172942227576	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.8891762098
2.0293-2.0947	0.211512159152	147	0.176506695303	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.9638205499
2.0947-2.1696	0.20015640983	130	0.177448749004	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1696-2.2564	0.21559669105	145	0.176132632009	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.9638728324
2.2564-2.359	0.205301260266	158	0.170158710284	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.359-2.4833	0.232973868189	150	0.170005679138	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4833-2.6388	0.228233750185	159	0.173113136519	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.9638205499
2.6388-2.8423	0.261692428497	140	0.178450331955	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8423-3.1279	0.209942886954	115	0.172084741489	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1279-3.5796	0.226755290875	147	0.159562247556	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5796-4.5063	0.152329824828	153	0.144655205355	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5063-26.5	0.186374284727	143	0.16547828074	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.89936263

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.261403630409	-0.121635782283	-0.010624226374	0.212929103632	-0.0823880632406	0.153786932285	0.0226469278272	-0.0373248288592	0.131003517396	0.00981688586572	0.00339169745861	0.0485989003418	-0.01837281549	-0.0233744226859	0.00467602842769	0.0614157317706	-0.00949844184629	0.0097067252646	0.0621251144802	-0.0219225605832	0.0717177824395	-10.3394092654	-6.05029967457	30.6378045073
2	0.053295705977	-0.00493669988379	0.0676878922511	0.548968551911	-0.0812644916296	0.168208963101	0.0490199302252	-0.155881361868	0.0811986231968	0.323815600407	-0.188473886871	-0.383438186378	0.0356695441382	-0.0348078908969	-0.187095521457	0.151652602843	-0.044561189696	-0.0110460416965	0.145788655285	-0.0615640258996	-0.00674117190367	0.102309089009	-7.07578698463	36.3761796949
3	0.229898377249	-0.325077420232	-0.110938701638	0.267700425586	0.107775115089	0.166666109842	-0.0524331892361	0.0680412982649	-0.196443313485	-0.000235932276083	0.0370191159233	-0.100586013678	0.0687668257551	-0.054896803819	-0.000974837829603	0.0516050771631	-0.0108237015784	0.0024401142815	0.0414092437936	0.00735184453607	0.0834913916234	-1.71773532816	-16.2314483584	25.3439954637
4	0.0322115737548	0.0918915431513	0.00303693437686	0.505530984731	0.0800690148931	0.26356800408	-0.0192093442564	-0.0526823065395	-0.172111180816	0.090155131051	-0.0258097161046	-0.183165355299	0.0493570962002	0.00985504746021	-0.0241976686243	0.0937835675458	0.0010269104183	-0.00844368736562	0.0847155666266	0.0409649973666	0.145158931362	-0.980666171888	-21.6993356764	31.5161315895
5	0.349467199314	0.0171011850805	0.148366122925	0.493466066806	-0.0872803590851	0.223489122297	0.0312576542655	0.0556077754914	0.0517715408229	-0.239067254689	0.195578928577	0.217592019507	0.3016090402	-0.137993679216	0.16024114431	0.162448488379	-0.0320140448462	-0.0525182624832	0.14291927424	0.0169916262516	0.0796215672771	-26.8694742114	-13.676290979	6.27417538439
6	0.333011237206	0.0993291687078	0.0712928648738	0.342595079088	-0.0620951320144	0.347906552479	0.17360693939	0.218562217457	0.300282245155	-0.0255500013322	0.157743528404	0.307525902949	0.444948258269	-0.128483045616	0.27099564931	0.119363410576	-0.13216094247	-0.354092918488	0.142271527972	-0.0978459512692	-0.359173553802	-25.7597855521	-16.5926442818	2.02536234521
7	0.00913236469122	0.00446073539984	-0.00105397386098	0.0117280223761	-0.0142621657641	0.00944969841805	-0.00229989518529	0.0148591101984	0.0123523034786	-0.0409881788179	0.0244304070283	-0.0346366145132	0.0241200598481	-0.0395562434555	0.0281860759798	0.14127213694	-0.0589512844457	0.0463237766943	0.22011991615	0.125243435495	0.0377793424291	1.49210944286	-5.54598555979	10.6702058935
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9	0.0571980298614	-0.0290930561054	0.0454730788351	0.0119552768345	-0.0249222736361	0.0313843435331	-0.0251591162684	0.013169583763	0.0363180928469	-0.0610878423808	0.0138841377554	0.129933794885	-0.0538673542077	-0.126850228173	0.0212775752778	-0.0629758979169	0.0849734725365	-0.259251186329	0.210769725254	0.0963516116631	0.332964003495	-32.5055926287	2.39275394176	10.7806846069
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14	0.0285909754778	-0.0186043997119	-0.0151447021514	0.0200976442115	-0.00327673626962	0.0316876197514	-0.012658176644	0.140480396313	0.0770217570713	-0.0953187979726	0.0409895968611	-0.0353656346151	-0.030168372629	-0.0158228862409	0.0101336565782	0.142143983449	-0.135786658714	0.0818992672359	0.0739456407652	0.297225612763	-0.016949633128	-1.36612448284	4.12132126381	6.92381825127
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16	0.003325689937	-0.000503813926778	0.00752239058231	0.000995924554733	-0.00266248080703	0.00249174757258	0.0386874401623	-0.0738079093119	0.071470346654	0.00875966761867	-0.0291693321648	-0.106308527721	-0.0432052303108	-0.0720135432653	7.62407224069E-6	0.136342949064	0.0025917813363	-0.00905265807331	0.145548056729	0.0270744637605	0.152861435277	-0.158557102999	-14.7820017044	37.0550931547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 174 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 5 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 83 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 84 through 90 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 91 through 99 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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