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万見
- PDB-8ehc: Structure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized po... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehc
タイトルStructure of Tannerella forsythia selenomethionine-derivatized potempin E
要素Potempin E (PotE)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Metallopeptidase inhibitor / HYDROLASE
機能・相同性Lipocalin-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Tannerella forsythia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: A unique network of attack, defence and competence on the outer membrane of the periodontitis pathogen Tannerella forsythia.
著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. ...著者: Ksiazek, M. / Goulas, T. / Mizgalska, D. / Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Veillard, F. / Waligorska, I. / Benedyk-Machaczka, M. / Sochaj-Gregorczyk, A.M. / Madej, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Cuppari, A. / Arolas, J.L. / de Diego, I. / Lopez-Pelegrin, M. / Garcia-Ferrer, I. / Guevara, T. / Dive, V. / Zani, M.L. / Moreau, T. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potempin E (PotE)
B: Potempin E (PotE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6234
ポリマ－23,4382
非ポリマー1842
水1,928107
1
A: Potempin E (PotE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8112
ポリマ－11,7191
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Potempin E (PotE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8112
ポリマ－11,7191
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.130, 71.350, 39.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Potempin E (PotE)


分子量: 11719.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア)
遺伝子: TFUB20_00705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3UL35
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Selenomethionine-derivatised PotE at 10 mg/mL in 50 mM sodium chloride, 5 mM Tris-HCl pH 8.0 was crystallised from 20% (w/v) PEG 1,000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→71.3 Å / Num. obs: 25564 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2008 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 0.589 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.178
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 658 4.79 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 13728 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8094 Å20 Å2-0.5181 Å2
2---2.1767 Å20 Å2
3----0.6327 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 12 107 1724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011657HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.072236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d758SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes228HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1657HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion207SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1894SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.16 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 104 3.67 %
Rwork0.222 2733 -
all0.2252 2837 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78290.1477-0.89941.08410.62551.8268-0.059-0.1425-0.24680.0528-0.00440.00390.1238-0.00410.0633-0.02290.0148-0.0514-0.02560.03530.058511.174327.024445.3082
22.76530.37760.21721.3834-0.39521.10260.1177-0.10690.15180.0697-0.05190.0461-0.0694-0.0346-0.0658-0.02490.0028-0.0347-0.038-0.02080.05129.425140.163625.528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|31 - 127}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|31 - 127}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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