+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8egu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase complexes | ||||||
要素 | [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Branched-chain ketoacid dehydrogenase / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitors / angiotensin receptor blocker / SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine catabolic process / valine catabolic process / isoleucine catabolic process / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / regulation of glucose metabolic process ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine catabolic process / valine catabolic process / isoleucine catabolic process / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / regulation of glucose metabolic process / 精子形成 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ミトコンドリア / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.923 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structural studies identify angiotensin II receptor blocker-like compounds as branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase inhibitors. 著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. ...著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. / Omoto, K. / Filipski, K.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8egu.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8egu.ent.gz | 121.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8egu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egu | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | [ 分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Bckdk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL21 / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q00972, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 800 mM lithium sulfate, and 750 mM ammonium sulfate PH範囲: 5.6-6.5 / Temp details: 20 C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.923→96.267 Å / Num. obs: 29906 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 19.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.923→2.101 Å / Rmerge(I) obs: 1.393 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1494 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.338 / % possible all: 42 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40 / 解像度: 1.923→96.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.176
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.29 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.923→96.27 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.923→2.02 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | Origin x: 101.6782 Å / Origin y: 35.9381 Å / Origin z: 22.4393 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|