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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8egd | ||||||
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タイトル | Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitor | ||||||
要素 | [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Branched-chain ketoacid dehydrogenase / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitors / angiotensin receptor blocker / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine catabolic process / valine catabolic process / isoleucine catabolic process / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / regulation of glucose metabolic process ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine catabolic process / valine catabolic process / isoleucine catabolic process / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / regulation of glucose metabolic process / 精子形成 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ミトコンドリア / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structural studies identify angiotensin II receptor blocker-like compounds as branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase inhibitors. 著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. ...著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. / Omoto, K. / Filipski, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8egd.cif.gz | 153.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8egd.ent.gz | 119.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8egd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/8egd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | [ 分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Bckdk / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q00972, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase |
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-非ポリマー , 6種, 57分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-K / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 800 mM lithium sulfate, and 750 mM ammonium sulfate Temp details: 20C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.047→96.96 Å / Num. obs: 24822 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 52.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 26.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.047→2.19 Å / 冗長度: 21.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1241 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.459 / % possible all: 52.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40 / 解像度: 2.047→96.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 4 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM ...詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 4 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY NOTE 2 : PFE E 4000, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0 NOTE 3 : PFE E 4001, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0 NOTE 4 : PFE E 4002, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0
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原子変位パラメータ | Biso max: 137.07 Å2 / Biso mean: 64.02 Å2 / Biso min: 33.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.047→96.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 101.864 Å / Origin y: 36.0704 Å / Origin z: 22.1676 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |