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- PDB-8ef2: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ107-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ef2
タイトルCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ107-B
要素
  • rhMZ107-B antibody heavy chain
  • rhMZ107-B antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: rhMZ107-B antibody heavy chain
L: rhMZ107-B antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8933
ポリマ－47,7982
非ポリマー951
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, reduced and native SDS PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.235, 118.672, 119.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 rhMZ107-B antibody heavy chain


分子量: 24365.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 rhMZ107-B antibody light chain


分子量: 23432.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 23.5% PEG 4K, 0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 32733 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.86 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 2905 / CC1/2: 0.54 / Rsym value: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQQ

4fqq


解像度: 2.102→14.834 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1626 4.99 %
Rwork0.1722 30973 -
obs0.1744 32599 93.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.79 Å2 / Biso mean: 36.8104 Å2 / Biso min: 14.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.102→14.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 5 376 3722
Biso mean--41.98 43.35 -
残基数----446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8884686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9262055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.102-2.16320.32031180.2542227083
2.1632-2.23280.27581300.2353253194
2.2328-2.31230.25441400.2244262196
2.3123-2.40450.27541420.213265397
2.4045-2.51350.26241410.1996261896
2.5135-2.64530.25491390.1967262596
2.6453-2.810.25541370.1878262896
2.81-3.02530.24131400.1808262195
3.0253-3.32660.24921330.1724261094
3.3266-3.80090.19081370.1595261293
3.8009-4.76220.17621320.1251258492
4.7622-14.8340.14781370.1459260088
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87720.05910.62533.793-1.15713.0920.2415-0.00930.2277-0.40280.12170.5261-0.621-0.1324-0.03290.42160.00850.04120.0703-0.01740.269329.294384.2169.6667
22.53430.30770.54473.3559-0.48263.50730.1318-0.3199-0.0186-0.1815-0.0150.1526-0.02040.0629-0.18730.1515-0.0109-0.01130.15080.01040.231230.558977.787319.1962
32.0736-0.32811.03323.95590.90352.70520.122-0.56680.16610.1858-0.0216-0.0139-0.25410.3404-0.13210.2165-0.07520.01110.22670.00320.222835.792283.43425.1317
42.19220.7767-0.42233.6326-0.46073.86240.1039-0.15620.3023-0.15510.1790.2877-0.8134-0.0063-0.1130.2977-0.04370.02980.1662-0.01910.249430.467687.253917.6826
51.05850.1213-0.04091.9836-0.52923.19680.0649-0.3364-0.21540.22120.01560.044-0.2006-0.2653-0.03690.1548-0.0452-0.00230.26650.05930.25134.055271.450725.6572
61.6093-0.72030.0761.06780.53990.38590.31210.0568-0.044-0.24670.00730.3448-0.62110.0862-0.07080.3596-0.0060.00250.1443-0.010.181933.15680.30436.2382
71.9098-0.7373-0.57178.34472.90523.15240.04250.3259-0.1862-0.72610.0616-0.6402-0.5744-0.177-0.07620.3243-0.0244-0.03430.2973-0.07340.259532.942863.3606-22.216
80.64150.0792-0.18221.67341.90973.89720.06770.0671-0.0655-0.1965-0.12350.0341-0.4326-0.29010.06820.25280.0217-0.00580.1782-0.03650.222532.781369.6301-10.2789
90.33790.2190.11335.11823.39593.9860.0071-0.0233-0.1364-0.4887-0.47630.5307-0.5789-1.00150.36290.30720.1454-0.0920.4049-0.0970.330324.393470.4889-14.0913
103.0771-0.3014-0.35761.5362-0.20152.87840.1031-0.3247-0.4107-0.1195-0.0369-0.17660.27330.7351-0.09410.18820.04790.00640.36740.07870.328747.722664.882522.0711
110.63470.380.90190.9288-0.13971.8242-0.0836-0.1641-0.4509-0.16940.25820.10650.4030.62080.1750.25640.16480.06960.4715-0.04630.419252.092658.40482.1299
122.9449-0.0462-0.89982.48260.92744.2760.11820.13250.0076-0.51340.1414-0.2305-0.62960.1987-0.16240.3487-0.05450.08010.2375-0.07990.245445.305770.0023-17.9554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 17 )H2 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 18 through 45 )H18 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 46 through 65 )H46 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 66 through 92 )H66 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 93 through 110 )H93 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 111 through 131 )H111 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 132 through 146 )H132 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 147 through 202 )H147 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 203 through 228 )H203 - 228
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 2 through 110 )L2 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 111 through 123 )L111 - 123
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 124 through 220 )L124 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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