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- PDB-8ef0: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-D -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ef0 | ||||||
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Title | Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-D | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes. Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W. ...Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 142.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 109.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 443.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ee5C ![]() 8ee8C ![]() 8eedC ![]() 8eeeC ![]() 8eezC ![]() 8ef1C ![]() 8ef2C ![]() 8ef3C ![]() 4fqqS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24472.354 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Antibody | Mass: 23542.021 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 26% PEG 8K, 0.2M ZnAc, 0.1M Tris-HCl (pH8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 20, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→50 Å / Num. obs: 17381 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 5.9 % / CC1/2: 0.81 / Rsym value: 0.194 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.56 Å / Num. unique obs: 1540 / CC1/2: 0.46 / Rsym value: 0.96 / % possible all: 89.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FQQ Resolution: 2.55→9.947 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 143.52 Å2 / Biso mean: 43.5236 Å2 / Biso min: 14.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→9.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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