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- PDB-8ef1: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ103-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ef1
タイトルCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ103-A
要素
  • rhMZ103-A antibody heavy chain
  • rhMZ103-A antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: rhMZ103-A antibody heavy chain
L: rhMZ103-A antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2022
ポリマ－47,2022
非ポリマー00
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, reduced and native SDS PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.480, 80.123, 175.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-488-

HOH

21H-511-

HOH

31H-518-

HOH

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要素

#1: 抗体 rhMZ103-A antibody heavy chain


分子量: 24690.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 rhMZ103-A antibody light chain


分子量: 22511.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20.0% PEG 4K, 0.2M NaAc, 0.1M Na Citrate (pH5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→19.7 Å / Num. obs: 37647 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.87→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 5536 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQQ

4fqq


解像度: 1.87→14.829 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 1877 5 %
Rwork0.1726 35683 -
obs0.1741 37560 89.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.35 Å2 / Biso mean: 37.6923 Å2 / Biso min: 20.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→14.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 0 396 3668
Biso mean---45.7 -
残基数----438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7514595
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4291990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8702-1.92070.31951380.2781261186
1.9207-1.97710.27421470.2344281493
1.9771-2.04070.26841470.2144279592
2.0407-2.11340.25431430.2072272490
2.1134-2.19780.2371440.1988274891
2.1978-2.29750.24531460.1967277291
2.2975-2.41810.22431460.1899277991
2.4181-2.56890.21521460.1919278090
2.5689-2.76610.21571470.1834277191
2.7661-3.04230.21881420.1741272489
3.0423-3.47750.2031440.1639271988
3.4775-4.36270.15261430.1465272888
4.3627-14.8290.17321440.1471271884
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4962-0.2468-0.10840.60110.47274.90620.05640.2865-0.0044-0.1802-0.03690.0929-0.1738-0.0815-0.02570.2661-0.0139-0.0330.26940.0210.24153.188742.227160.9941
23.95592.4695-0.39015.4196-0.49781.5526-0.044-0.0060.3752-0.0772-0.03850.0314-0.11520.10830.09530.1943-0.0063-0.0040.26320.02320.22513.907162.0383.2923
34.15562.16791.5885.84510.61865.14950.05260.0594-0.2629-0.1913-0.0062-0.31520.34370.3519-0.05790.2780.080.02410.4696-0.01080.25928.800734.256261.3172
43.90170.18140.27453.0076-0.58863.59460.00610.1845-0.0216-0.2263-0.07950.05160.03370.07560.04020.2490.00080.00380.34110.00690.189118.461937.688455.6142
53.3281.11820.93652.58420.8922.9851-0.09060.43990.1708-0.38580.0478-0.1842-0.09470.42550.05950.3689-0.0030.05890.5057-0.00070.301525.360739.559750.055
66.2831.58261.99422.76731.22024.6879-0.07630.0250.0225-0.1864-0.01960.00750.02150.080.10760.27910.0440.0150.2880.01230.208620.146237.250758.8537
70.4347-0.8599-1.26684.52095.93037.84710.15360.18880.2834-0.04820.3848-0.465-0.16520.8001-0.58680.2696-0.00450.02530.42990.01470.366134.168845.809471.6332
85.8776-2.2422-3.69885.09833.25393.14990.10770.21680.2006-0.0403-0.09410.0713-0.3692-0.35910.00150.270.0564-0.03730.38980.03460.251919.274458.843292.785
95.0159-4.254-5.44764.9735.32816.4374-0.1043-0.2747-0.0770.33270.2083-0.13180.4160.7736-0.11810.2275-0.0267-0.01740.27790.01020.33830.41648.371789.2534
104.6008-1.1163-1.95832.57120.86568.2040.06770.0444-0.093-0.0541-0.0846-0.0157-0.2725-0.39960.07490.1965-0.0209-0.0140.21550.04240.263122.581551.365291.7207
116.9053-1.4911-3.60494.13792.15892.43870.0522-0.7130.51070.22660.3504-0.4662-0.02150.4137-0.3320.29060.0549-0.04640.3886-0.01060.322630.732255.369195.9881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 135 )H1 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 136 through 229 )H136 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 23 )L2 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 24 through 49 )L24 - 49
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 50 through 76 )L50 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 77 through 104 )L77 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 105 through 117 )L105 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 118 through 143 )L118 - 143
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 144 through 154 )L144 - 154
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 155 through 191 )L155 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 192 through 213 )L192 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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