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- PDB-8eez: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eez
タイトルCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C
要素
  • rhMZ100-C antibody heavy chain
  • rhMZ100-C antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: rhMZ100-C antibody heavy chain
L: rhMZ100-C antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7322
ポリマ－46,7322
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Reduced and native SDS PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.981, 71.226, 114.176
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 rhMZ100-C antibody heavy chain


分子量: 23274.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 rhMZ100-C antibody light chain


分子量: 23456.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22.5% PEG 4K, 22.5% IPA, 0.1M Na Citrate (pH5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 22274 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / Num. unique obs: 1968 / CC1/2: 0.579

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FQQ

4fqq


解像度: 2.25→14.896 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 966 5 %
Rwork0.1855 18344 -
obs0.1879 19310 86.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.26 Å2 / Biso mean: 39.6002 Å2 / Biso min: 17.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→14.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 0 146 3370
Biso mean---40.31 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1964501
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9261966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2502-2.36840.30241170.22782220233775
2.3684-2.51610.28131190.22732259237876
2.5161-2.70930.29111250.22832375250080
2.7093-2.980.25381440.20972747289191
2.98-3.40670.23751530.19252878303195
3.4067-4.27510.20071520.16132903305595
4.2751-14.89590.21321560.16582962311894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0419-0.0337-0.00670.08060.0160.07160.00630.0835-0.09250.08670.01430.0848-0.11140.1281-00.14240.01820.0040.1444-0.01670.14922.547352.4524-9.1335
25.1076-1.2018-0.6391.2218-1.75763.9475-0.0088-0.45720.77460.74140.3453-0.4226-0.17690.1002-0.19340.3495-0.0578-0.00420.2399-0.01630.462-0.974455.125930.8515
33.6368-0.27650.09955.43233.0096.48950.1463-0.14170.24530.1516-0.2150.3451-0.1586-0.30080.04380.16070.0017-0.00470.18830.02370.2737-6.899751.239428.1303
4-0.00050.0056-0.0065-0.004-0.02270.0071-0.2283-0.10780.0858-0.02560.1157-0.1513-0.23910.1154-00.2137-0.0293-0.02040.26270.01530.24475.916576.6599-1.7775
5-0.00270.01060.00840.00480.01530.0087-0.11150.0629-0.0221-0.0167-0.03610.0384-0.04340.0343-00.1966-0.06290.00510.1635-0.03210.1521-2.101670.399-7.4875
60.005-0.0084-0.00330.0063-0.01280.01350.03420.0530.069-0.04170.1285-0.0247-0.1758-0.138800.2369-0.13460.05680.10240.1920.0233-0.267979.6007-9.3199
7-0.00210.0049-0.00260.00480.01760.011-0.00930.0293-0.0867-0.06450.2317-0.0302-0.0827-0.1874-00.2277-0.00260.03870.2364-0.06090.1354-3.456372.2297-2.3651
80.501-0.06150.27330.3471-0.42540.5044-0.2775-0.7112-0.02620.44340.0306-0.2737-0.2061-0.41620.14360.00480.01940.1092-0.175-0.05220.14880.233268.722711.8963
95.0523-1.29961.62753.0995-1.53584.84780.1391-0.2366-0.06330.0508-0.06440.0769-0.0458-0.0941-0.0840.3483-0.02780.01610.1208-0.06390.21174.54561.169724.461
102.0156-1.0412.21322.5132-1.06964.04510.17850.3030.0335-0.1714-0.06980.2139-0.2066-0.0689-0.06850.37880.03260.01650.2232-0.04610.32281.352364.262818.2546
115.7343-1.62831.97011.05230.42042.2380.0204-0.10760.05830.0294-0.0137-0.1055-0.1205-0.0011-0.01560.2969-0.07580.05250.17080.03290.23299.404464.296825.6462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 114 )H2 - 114
2X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 111 )H2 - 111
3X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 112 through 143 )H112 - 143
4X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 144 through 210 )H144 - 210
5X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 2 through 32 )L2 - 32
6X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 33 through 52 )L33 - 52
7X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 53 through 75 )L53 - 75
8X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 76 through 92 )L76 - 92
9X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 93 through 121 )L93 - 121
10X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 122 through 150 )L122 - 150
11X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 151 through 171 )L151 - 171
12X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 172 through 209 )L172 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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