PDB-8eez: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eez

タイトル

Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C

要素

rhMZ100-C antibody heavy chain
rhMZ100-C antibody light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN

生物種

Macaca mulatta (アカゲザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eez.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eez.ent.gz	106.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8eez_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eez_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	8eez_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8eez_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ee5C 8ee8C 8eedC 8eeeC 8ef0C 8ef1C 8ef2C 8ef3C 4fqqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: rhMZ100-C antibody heavy chain

L: rhMZ100-C antibody light chain

46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Reduced and native SDS PAGE

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.981, 71.226, 114.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	rhMZ100-C antibody heavy chain 分子量: 23274.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	rhMZ100-C antibody light chain 分子量: 23456.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22.5% PEG 4K, 22.5% IPA, 0.1M Na Citrate (pH5.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 22274 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.19→2.26 Å / Num. unique obs: 1968 / CC_1/2: 0.579

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FQQ

4fqq

解像度: 2.25→14.896 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	966	5 %
R_work	0.1855	18344	-
obs	0.1879	19310	86.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.26 Å² / B_iso mean: 39.6002 Å² / B_iso min: 17.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→14.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3224	0	0	146	3370
B_iso mean	-	-	-	40.31	-
残基数	-	-	-	-	434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.196	4501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.926	1966

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2502-2.3684	0.3024	117	0.2278	2220	2337	75
2.3684-2.5161	0.2813	119	0.2273	2259	2378	76
2.5161-2.7093	0.2911	125	0.2283	2375	2500	80
2.7093-2.98	0.2538	144	0.2097	2747	2891	91
2.98-3.4067	0.2375	153	0.1925	2878	3031	95
3.4067-4.2751	0.2007	152	0.1613	2903	3055	95
4.2751-14.8959	0.2132	156	0.1658	2962	3118	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0419	-0.0337	-0.0067	0.0806	0.016	0.0716	0.0063	0.0835	-0.0925	0.0867	0.0143	0.0848	-0.1114	0.1281	-0	0.1424	0.0182	0.004	0.1444	-0.0167	0.1492	2.5473	52.4524	-9.1335
2	5.1076	-1.2018	-0.639	1.2218	-1.7576	3.9475	-0.0088	-0.4572	0.7746	0.7414	0.3453	-0.4226	-0.1769	0.1002	-0.1934	0.3495	-0.0578	-0.0042	0.2399	-0.0163	0.462	-0.9744	55.1259	30.8515
3	3.6368	-0.2765	0.0995	5.4323	3.009	6.4895	0.1463	-0.1417	0.2453	0.1516	-0.215	0.3451	-0.1586	-0.3008	0.0438	0.1607	0.0017	-0.0047	0.1883	0.0237	0.2737	-6.8997	51.2394	28.1303
4	-0.0005	0.0056	-0.0065	-0.004	-0.0227	0.0071	-0.2283	-0.1078	0.0858	-0.0256	0.1157	-0.1513	-0.2391	0.1154	-0	0.2137	-0.0293	-0.0204	0.2627	0.0153	0.2447	5.9165	76.6599	-1.7775
5	-0.0027	0.0106	0.0084	0.0048	0.0153	0.0087	-0.1115	0.0629	-0.0221	-0.0167	-0.0361	0.0384	-0.0434	0.0343	-0	0.1966	-0.0629	0.0051	0.1635	-0.0321	0.1521	-2.1016	70.399	-7.4875
6	0.005	-0.0084	-0.0033	0.0063	-0.0128	0.0135	0.0342	0.053	0.069	-0.0417	0.1285	-0.0247	-0.1758	-0.1388	0	0.2369	-0.1346	0.0568	0.1024	0.192	0.0233	-0.2679	79.6007	-9.3199
7	-0.0021	0.0049	-0.0026	0.0048	0.0176	0.011	-0.0093	0.0293	-0.0867	-0.0645	0.2317	-0.0302	-0.0827	-0.1874	-0	0.2277	-0.0026	0.0387	0.2364	-0.0609	0.1354	-3.4563	72.2297	-2.3651
8	0.501	-0.0615	0.2733	0.3471	-0.4254	0.5044	-0.2775	-0.7112	-0.0262	0.4434	0.0306	-0.2737	-0.2061	-0.4162	0.1436	0.0048	0.0194	0.1092	-0.175	-0.0522	0.1488	0.2332	68.7227	11.8963
9	5.0523	-1.2996	1.6275	3.0995	-1.5358	4.8478	0.1391	-0.2366	-0.0633	0.0508	-0.0644	0.0769	-0.0458	-0.0941	-0.084	0.3483	-0.0278	0.0161	0.1208	-0.0639	0.2117	4.545	61.1697	24.461
10	2.0156	-1.041	2.2132	2.5132	-1.0696	4.0451	0.1785	0.303	0.0335	-0.1714	-0.0698	0.2139	-0.2066	-0.0689	-0.0685	0.3788	0.0326	0.0165	0.2232	-0.0461	0.3228	1.3523	64.2628	18.2546
11	5.7343	-1.6283	1.9701	1.0523	0.4204	2.238	0.0204	-0.1076	0.0583	0.0294	-0.0137	-0.1055	-0.1205	-0.0011	-0.0156	0.2969	-0.0758	0.0525	0.1708	0.0329	0.2329	9.4044	64.2968	25.6462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 114 )	H	2 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 111 )	H	2 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 112 through 143 )	H	112 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 144 through 210 )	H	144 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 2 through 32 )	L	2 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 33 through 52 )	L	33 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 53 through 75 )	L	53 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 76 through 92 )	L	76 - 92
9	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 93 through 121 )	L	93 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 122 through 150 )	L	122 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 151 through 171 )	L	151 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 172 through 209 )	L	172 - 209

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)