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Yorodumi- PDB-8eez: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8eez | ||||||
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Title | Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN | ||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2023 Title: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes. Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W. ...Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8eez.cif.gz | 139.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8eez.ent.gz | 106.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8eez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8eez_validation.pdf.gz | 432.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8eez_full_validation.pdf.gz | 437.7 KB | Display | |
Data in XML | 8eez_validation.xml.gz | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8eez_validation.cif.gz | 26.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8eez | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ee5C 8ee8C 8eedC 8eeeC 8ef0C 8ef1C 8ef2C 8ef3C 4fqqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23274.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23456.941 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 22.5% PEG 4K, 22.5% IPA, 0.1M Na Citrate (pH5.6) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 21, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→50 Å / Num. obs: 22274 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.26 Å / Num. unique obs: 1968 / CC1/2: 0.579 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FQQ Resolution: 2.25→14.896 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.26 Å2 / Biso mean: 39.6002 Å2 / Biso min: 17.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→14.896 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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