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- PDB-8eed: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eed
タイトルCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ107-B in complex with ZIKV E glycoprotein
要素
  • Envelope protein E
  • rhMZ107-B antibody heavy chain
  • rhMZ107-B antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.487 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes.
著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: Envelope protein E
B: Envelope protein E
H: rhMZ107-B antibody heavy chain
M: rhMZ107-B antibody heavy chain
L: rhMZ107-B antibody light chain
E: rhMZ107-B antibody heavy chain
N: rhMZ107-B antibody light chain
F: rhMZ107-B antibody light chain
I: rhMZ107-B antibody heavy chain
J: rhMZ107-B antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,23112
ポリマ－367,23112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.030, 105.630, 132.380
Angle α, β, γ (deg.)82.520, 70.480, 81.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Envelope protein E


分子量: 44214.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス)
株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: 抗体
rhMZ107-B antibody heavy chain


分子量: 24160.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
rhMZ107-B antibody light chain


分子量: 23432.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 6000, 5% MPD, 0.1 M MES (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 70659 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Num. unique obs: 5711 / CC1/2: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NIP

6nip


解像度: 3.487→48.842 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 36.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 1995 4.2 %
Rwork0.2888 45555 -
obs0.2906 47550 80.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.87 Å2 / Biso mean: 48.7124 Å2 / Biso min: 7.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.487→48.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19188 0 0 0 19188
残基数----2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00219628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61426685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.90511687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.487-3.57380.4466410.3273103025
3.5738-3.67040.4569890.2994193748
3.6704-3.77830.32491020.2991240060
3.7783-3.90030.331120.3003274068
3.9003-4.03960.38591380.2934304676
4.0396-4.20120.33541480.2879336583
4.2012-4.39230.31241440.2709358888
4.3923-4.62370.28281770.2703367792
4.6237-4.91320.33171720.2645381795
4.9132-5.29210.35061640.2767395297
5.2921-5.82390.30811750.2874400398
5.8239-6.66480.32581760.3149399499
6.6648-8.390.32611780.31464013100
8-48.8420.31841790.2903399399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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