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- PDB-8edf: Bovine Fab SKD in complex with Sars COV-2 receptor binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8edf
タイトルBovine Fab SKD in complex with Sars COV-2 receptor binding domain
要素
  • SKD Fab Light chain
  • SKD Fab heavy chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / SARS Cov-2
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma ...CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / blood microparticle / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin lambda constant 2 / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: The smallest functional antibody fragment: Ultralong CDR H3 antibody knob regions potently neutralize SARS-CoV-2.
著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / ...著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / Chen, W. / Warner, C. / Radoicic, J. / Joh, J. / Dinali Perera, K. / Sang, H. / Kim, T. / Yao, J. / Zhao, F. / Sok, D. / Burton, D.R. / Allen, J. / Harriman, W. / Mwangi, W. / Chung, D. / Teijaro, J.R. / Ward, A.B. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. / Wilson, I.A. / Chang, K.O. / McGregor, D. / Smider, V.V.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: SKD Fab Light chain
H: SKD Fab heavy chain
A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8054
ポリマ－73,5843
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.841, 162.841, 125.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: 抗体 SKD Fab Light chain


分子量: 22527.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY2
#2: 抗体 SKD Fab heavy chain


分子量: 28454.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22601.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.4M Lithium chloride, 10% Peg6000, 0.1M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→26.74 Å / Num. obs: 23014 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 92.12 Å2 / CC1/2: 0.726 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.318 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.4→3.55 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 2.39 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 1145 / CC1/2: 0.403 / Rpim(I) all: 1.12 / Rrim(I) all: 2.65 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6oo0

6oo0


解像度: 3.4→26.74 Å / SU ML: 0.559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.1797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 1156 5.05 %
Rwork0.2759 21725 -
obs0.2771 22881 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 130.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→26.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5039 0 14 0 5053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00245174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64147057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.74141825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.550.43641390.41352673X-RAY DIFFRACTION96.73
3.55-3.740.39341490.38142717X-RAY DIFFRACTION97.95
3.74-3.970.41551450.35652719X-RAY DIFFRACTION98.02
3.97-4.270.34911480.31462736X-RAY DIFFRACTION98.4
4.27-4.70.28561360.2582621X-RAY DIFFRACTION94.26
4.7-5.380.25411520.24172716X-RAY DIFFRACTION96.47
5.38-6.760.27391440.26572786X-RAY DIFFRACTION97.25
6.76-26.740.22931430.20692757X-RAY DIFFRACTION92.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09881195508560.140276404521-0.06260762359010.5054653567030.001134772944810.183980810363-0.2967144132730.690652043959-0.217436659083-0.3549450158-0.5414171377680.161546522510.464765518177-0.311420676802-1.37038248655E-51.174720954210.394608417407-0.03611727433871.44086644019-0.3027805617231.2337975528138.501518971126.40172586418.4047447881
20.494725999956-0.184351205896-0.1365674879980.1810697433450.1533946606050.04233554857520.3393956355790.291666397003-0.1509336755730.0427660492137-0.3354328156860.434304213767-0.118767894592-0.0677966251207-0.0002564688677270.8961094297840.329823711757-0.01107226837260.870230984816-0.1107346324140.92031199147117.197261524448.131338321840.2565044895
30.02394361845150.0380349684203-0.03457388626720.01313364600550.03034280898430.00476121274775-0.265478887918-0.012674154236-0.2080488035920.434801227837-0.274045614171-0.0109630765722-0.2266722002830.2436140457836.70419171012E-61.047368213840.4080312165520.1329626124041.253551995-0.3129264187481.5205482178144.873647483227.962737158245.8454721098
40.4323467773210.0304314345810.1039545043660.2754935547080.2570463244270.388353787157-0.68441299013-0.6771111372880.1080950624280.480208386220.503044542993-0.08081983608520.1977553973670.428309145891-0.2400265186641.058952783780.4933018026720.1240431321891.225133461440.02657329112681.1857213436751.390361161322.489951936335.6930667621
50.02940182364510.1029661406480.0270776963380.1235578597330.1937051245830.26998783227-0.1880972348030.322283729270.128113908846-0.4633191488370.3699727638840.19883666219-0.5807683637770.5089378503790.04781917343680.6625479741060.03986086706310.05661739187120.7994388573240.02365058656460.71356336036564.94894917347.497302956438.53257854833
60.218714287415-0.0744689509442-0.05153712730350.0897952374535-0.2122615613693.77549527404-0.879997350796-0.699371964985-0.2446891420541.141852200270.0972408389921-0.1772779483150.1421553919271.76862597755-0.3232890049731.233983694150.7857409076040.411166031650.210363121326-0.06097936080491.2685873597423.354187712534.763765406548.5761356233
70.6122448476150.229809234547-0.1004028193090.229426891292-0.02097621227360.3831733474170.117453121950.102394317273-0.175216869297-0.331253002898-0.329024427837-0.08014974691030.0978625583450.324756956194-0.02746147476120.4356398640980.1860779737140.1065784553260.3240003264350.02308730497310.46119408010884.5839865324-14.0437105692-29.3292265007
80.6334263716010.107538253843-0.1765514964110.456000937091-0.03769104916490.0684432623321-0.261962840431-0.69837912905-0.4181450580790.738168538927-0.389530599407-0.2262588995010.5508454682580.921931872119-0.1242655041670.614204934974-0.07031124840180.08881829336410.4061893223790.1699327884540.59763886682786.5516510839-13.43519082-13.949422784
90.508937033324-0.0350988092356-0.2425067460260.06129648173110.0225037540780.383329947555-0.146165924905-0.7373108399970.5076338151380.103793256648-0.1645957363630.255881684983-0.03393317299680.3769617565850.1997070763280.580547360024-0.1362741607020.312533287941-0.008631673082490.324114943079-0.017095837356282.4803977747-8.59218575715-13.7232700749
100.142900676567-0.1239936394180.04801426011370.170270216234-0.04925520920320.08682174581080.0710950592778-0.3738785001150.08830333343690.66506674976-0.0664529111481-0.4459505006041.029012093120.09046865978250.0007873276015210.684847778816-0.01933198324810.06390670427730.6734509103510.1414678647750.58567596347874.6120642921-14.40568508920.972144292228
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 3 through 113 )LA3 - 1131 - 115
22chain 'L' and (resid 114 through 210 )LA114 - 210116 - 212
33chain 'H' and (resid 2 through 17 )HB2 - 171 - 16
44chain 'H' and (resid 18 through 104 )HB18 - 10417 - 106
55chain 'H' and (resid 105 through 156 )HB105 - 156107 - 158
66chain 'H' and (resid 157 through 267 )HB157 - 267159 - 263
77chain 'A' and (resid 334 through 393 )AC334 - 3931 - 60
88chain 'A' and (resid 394 through 421 )AC394 - 42161 - 88
99chain 'A' and (resid 422 through 459 )AC422 - 45989 - 126
1010chain 'A' and (resid 460 through 494 )AC460 - 494127 - 161
1111chain 'A' and (resid 495 through 516 )AC495 - 516162 - 183
1212chain 'A' and (resid 517 through 529 )AC517 - 529184 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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