[日本語] English
万見
- PDB-8ecq: Bovine Fab 2G3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ecq
タイトルBovine Fab 2G3
要素
  • 2G3 Fab Heavy chain
  • 2G3 Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis ...CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin lambda constant 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: The smallest functional antibody fragment: Ultralong CDR H3 antibody knob regions potently neutralize SARS-CoV-2.
著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / ...著者: Huang, R. / Warner Jenkins, G. / Kim, Y. / Stanfield, R.L. / Singh, A. / Martinez-Yamout, M. / Kroon, G.J. / Torres, J.L. / Jackson, A.M. / Kelley, A. / Shaabani, N. / Zeng, B. / Bacica, M. / Chen, W. / Warner, C. / Radoicic, J. / Joh, J. / Dinali Perera, K. / Sang, H. / Kim, T. / Yao, J. / Zhao, F. / Sok, D. / Burton, D.R. / Allen, J. / Harriman, W. / Mwangi, W. / Chung, D. / Teijaro, J.R. / Ward, A.B. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. / Wilson, I.A. / Chang, K.O. / McGregor, D. / Smider, V.V.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 2G3 Fab Light chain
H: 2G3 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2436
ポリマ－50,7712
非ポリマー4724
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.373, 66.373, 232.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-407-

HOH

-
要素

#1: 抗体 2G3 Fab Light chain


分子量: 22527.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY2
#2: 抗体 2G3 Fab Heavy chain


分子量: 28243.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% glycerol, 0.1M Mes, 5% Peg1000, 30% Peg600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.93 Å / Num. obs: 36241 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 36.18 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 29.6 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.411 / Rrim(I) all: 0.911 / Χ2: 1.177 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6oo0

6oo0


解像度: 2→46.93 Å / SU ML: 0.2374 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8907
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1795 4.97 %
Rwork0.2141 34339 -
obs0.2161 36134 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3535 0 30 130 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00753645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76494965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.78371291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.37981000.35732380X-RAY DIFFRACTION91.18
2.05-2.110.38691380.31942547X-RAY DIFFRACTION98.06
2.11-2.180.27351340.28962596X-RAY DIFFRACTION99.06
2.18-2.260.31861350.27122610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.26-2.350.25651380.25422627X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.450.29381220.23912645X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.26631560.23852609X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.750.31041490.23622635X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.29011210.23022672X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.260.27671370.21942675X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.730.26111320.20562715X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-4.690.18931600.16982729X-RAY DIFFRACTION100
4.69-46.930.22641730.18422899X-RAY DIFFRACTION99.93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る