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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ebn | |||||||||
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| Title | Structure of KLHDC2-EloB/C tetrameric assembly | |||||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / E3 ligase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation ...ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nuclear body / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Scott, D.C. / Schulman, B.A. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Mol Cell / Year: 2023Title: E3 ligase autoinhibition by C-degron mimicry maintains C-degron substrate fidelity. Authors: Daniel C Scott / Moeko T King / Kheewoong Baek / Clifford T Gee / Ravi Kalathur / Jerry Li / Nicholas Purser / Amanda Nourse / Sergio C Chai / Sivaraja Vaithiyalingam / Taosheng Chen / ...Authors: Daniel C Scott / Moeko T King / Kheewoong Baek / Clifford T Gee / Ravi Kalathur / Jerry Li / Nicholas Purser / Amanda Nourse / Sergio C Chai / Sivaraja Vaithiyalingam / Taosheng Chen / Richard E Lee / Stephen J Elledge / Gary Kleiger / Brenda A Schulman / ![]() Abstract: E3 ligase recruitment of proteins containing terminal destabilizing motifs (degrons) is emerging as a major form of regulation. How those E3s discriminate bona fide substrates from other proteins ...E3 ligase recruitment of proteins containing terminal destabilizing motifs (degrons) is emerging as a major form of regulation. How those E3s discriminate bona fide substrates from other proteins with terminal degron-like sequences remains unclear. Here, we report that human KLHDC2, a CRL2 substrate receptor targeting C-terminal Gly-Gly degrons, is regulated through interconversion between two assemblies. In the self-inactivated homotetramer, KLHDC2's C-terminal Gly-Ser motif mimics a degron and engages the substrate-binding domain of another protomer. True substrates capture the monomeric CRL2, driving E3 activation by neddylation and subsequent substrate ubiquitylation. Non-substrates such as NEDD8 bind KLHDC2 with high affinity, but its slow on rate prevents productive association with CRL2. Without substrate, neddylated CRL2 assemblies are deactivated via distinct mechanisms: the monomer by deneddylation and the tetramer by auto-ubiquitylation. Thus, substrate specificity is amplified by KLHDC2 self-assembly acting like a molecular timer, where only bona fide substrates may bind before E3 ligase inactivation. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 8ebn.cif.gz | 440.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ebn.ent.gz | 362.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8ebn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ebn_validation.pdf.gz | 471.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ebn_full_validation.pdf.gz | 482.9 KB | Display | |
| Data in XML | 8ebn_validation.xml.gz | 37.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ebn_validation.cif.gz | 51.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/8ebn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8eblC ![]() 8ebmC ![]() 1vcbS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 46154.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KLHDC2, HCA33 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9Y2U9#2: Protein | Mass: 11748.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOB, TCEB2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q15370#3: Protein | Mass: 13945.732 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOC, TCEB1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q15369#4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: % PEG3350, 0.2 M KSCN, 0.1 M Tris, 0.1M Na/K Tartrate, 2.5% MPD, pH =6.8 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 30, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 49565 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 59.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.319 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 197411 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1VCB Resolution: 2.6→46.62 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.37 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 177.44 Å2 / Biso mean: 74.7516 Å2 / Biso min: 28.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→46.62 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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Trichoplusia ni (cabbage looper)