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- PDB-8ebm: Structure of KLHDC2 substrate binding domain bound to KLHDC2's C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ebm
タイトルStructure of KLHDC2 substrate binding domain bound to KLHDC2's C-degron mimic
要素
  • ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER
  • Kelch domain-containing protein 2
キーワードLIGASE / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Galactose oxidase, central domain / Kelch-type beta propeller
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Scott, D.C. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01GM125885 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)P30CA021765 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: E3 ligase autoinhibition by C-degron mimicry maintains C-degron substrate fidelity.
著者: Daniel C Scott / Moeko T King / Kheewoong Baek / Clifford T Gee / Ravi Kalathur / Jerry Li / Nicholas Purser / Amanda Nourse / Sergio C Chai / Sivaraja Vaithiyalingam / Taosheng Chen / ...著者: Daniel C Scott / Moeko T King / Kheewoong Baek / Clifford T Gee / Ravi Kalathur / Jerry Li / Nicholas Purser / Amanda Nourse / Sergio C Chai / Sivaraja Vaithiyalingam / Taosheng Chen / Richard E Lee / Stephen J Elledge / Gary Kleiger / Brenda A Schulman /
要旨: E3 ligase recruitment of proteins containing terminal destabilizing motifs (degrons) is emerging as a major form of regulation. How those E3s discriminate bona fide substrates from other proteins ...E3 ligase recruitment of proteins containing terminal destabilizing motifs (degrons) is emerging as a major form of regulation. How those E3s discriminate bona fide substrates from other proteins with terminal degron-like sequences remains unclear. Here, we report that human KLHDC2, a CRL2 substrate receptor targeting C-terminal Gly-Gly degrons, is regulated through interconversion between two assemblies. In the self-inactivated homotetramer, KLHDC2's C-terminal Gly-Ser motif mimics a degron and engages the substrate-binding domain of another protomer. True substrates capture the monomeric CRL2, driving E3 activation by neddylation and subsequent substrate ubiquitylation. Non-substrates such as NEDD8 bind KLHDC2 with high affinity, but its slow on rate prevents productive association with CRL2. Without substrate, neddylated CRL2 assemblies are deactivated via distinct mechanisms: the monomer by deneddylation and the tetramer by auto-ubiquitylation. Thus, substrate specificity is amplified by KLHDC2 self-assembly acting like a molecular timer, where only bona fide substrates may bind before E3 ligase inactivation.
履歴
登録2022年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch domain-containing protein 2
B: Kelch domain-containing protein 2
C: ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER
D: ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0674
ポリマ－82,0674
非ポリマー00
水7,260403
1
A: Kelch domain-containing protein 2
C: ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0342
ポリマ－41,0342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
B: Kelch domain-containing protein 2
D: ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0342
ポリマ－41,0342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.761, 88.634, 89.082
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1


分子量: 39764.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: タンパク質・ペプチド ASN-GLN-ARG-PHE-GLY-SER-ASN-ASN-THR-SER-GLY-SER


分子量: 1269.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 8-12% PEG3350, 0.2M NaSCN, 0.1 M Bis-Tris Propane, 5 nM Hexamine cobalt (III) chloride, pH = 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 90061 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 2.176 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 296998
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.643.30.64489930.6270.410.7660.71898
1.64-1.73.50.52290900.720.320.6130.8399.1
1.7-1.783.50.38291060.840.2360.451.1899.1
1.78-1.873.40.26790870.9020.1680.3171.51698.9
1.87-1.993.30.18989780.9430.1220.2252.12298.2
1.99-2.143.10.13589260.9640.0910.1642.69997.1
2.14-2.363.10.09789390.9810.0650.1172.94897.2
2.36-2.73.40.07890450.9860.0510.0943.29898.2
2.7-3.43.20.05689870.9920.0380.0683.56897.1
3.4-5030.04389100.9940.030.0523.47595.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DO2

6do2


解像度: 1.58→39.41 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 4428 4.92 %
Rwork0.1923 85577 -
obs0.1946 90005 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.28 Å2 / Biso mean: 27.1283 Å2 / Biso min: 11.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→39.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5201 0 0 403 5604
Biso mean---36.05 -
残基数----661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.58-1.60.34991460.27532670281690
1.6-1.620.37741450.26682879302499
1.62-1.640.35861860.26032816300299
1.64-1.660.29931440.26312940308499
1.66-1.680.33331560.25082851300799
1.68-1.70.29671510.24522826297799
1.7-1.730.30861600.24582915307599
1.73-1.750.31861150.25292897301299
1.75-1.780.30271460.24692875302199
1.78-1.810.321590.23282883304299
1.81-1.840.29921530.22262840299399
1.84-1.870.28941570.22122923308099
1.87-1.910.29821690.21342832300199
1.91-1.950.24351650.19282862302798
1.95-1.990.25281140.19512871298598
1.99-2.040.22311350.18912896303198
2.04-2.090.25841520.19132783293597
2.09-2.140.24521420.20262837297996
2.14-2.210.24111420.18632772291495
2.21-2.280.2261370.1912858299598
2.28-2.360.23531680.18392872304099
2.36-2.450.2291590.18892848300798
2.45-2.560.26191550.19132882303798
2.56-2.70.27751230.19092886300998
2.7-2.870.27011370.19342887302498
2.87-3.090.20461580.17852823298198
3.09-3.40.2171340.1782857299196
3.4-3.890.20241220.17092794291694
3.89-4.90.19811200.16132766288693
4.9-39.410.1991780.19772936311498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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