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万見
- PDB-8ea5: NKG2D complexed with inhibitor 1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ea5
タイトルNKG2D complexed with inhibitor 1a
要素NKG2-D type II integral membrane protein
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT/INHIBITOR / NKG2D / Immune System / IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process / T cell costimulation ...negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / nitric oxide biosynthetic process / T cell costimulation / DAP12 interactions / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / DAP12 signaling / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / adaptive immune response / cell differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NKG2-D type II integral membrane protein / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-VN8 / NKG2-D type II integral membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Thompson, A.A. / Grant, J.C. / Karpowich, N.K. / Sharma, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Identification of small-molecule protein-protein interaction inhibitors for NKG2D.
著者: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / ...著者: Thompson, A.A. / Harbut, M.B. / Kung, P.P. / Karpowich, N.K. / Branson, J.D. / Grant, J.C. / Hagan, D. / Pascual, H.A. / Bai, G. / Zavareh, R.B. / Coate, H.R. / Collins, B.C. / Cote, M. / Gelin, C.F. / Damm-Ganamet, K.L. / Gholami, H. / Huff, A.R. / Limon, L. / Lumb, K.J. / Mak, P.A. / Nakafuku, K.M. / Price, E.V. / Shih, A.Y. / Tootoonchi, M. / Vellore, N.A. / Wang, J. / Wei, N. / Ziff, J. / Berger, S.B. / Edwards, J.P. / Gardet, A. / Sun, S. / Towne, J.E. / Venable, J.D. / Shi, Z. / Venkatesan, H. / Rives, M.L. / Sharma, S. / Shireman, B.T. / Allen, S.J.
履歴
登録2022年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NKG2-D type II integral membrane protein
B: NKG2-D type II integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5085
ポリマ－29,7622
非ポリマー7473
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.107, 43.671, 77.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-451-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor


分子量: 14880.832 Da / 分子数: 2 / 変異: S117E,I173S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26718
#2: 化合物 ChemComp-VN8 / (3S,5aS,8aR)-3-benzyl-6-[(3,5-dichlorophenyl)methyl]-1,4-dimethyloctahydropyrrolo[3,2-e][1,4]diazepine-2,5-dione


分子量: 446.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25Cl2N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 - 0.22 M NaNO3 20- 31 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→40.13 Å / Num. obs: 33491 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 20.414 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 112256
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.63-1.663.41.9556916190.4380.82895.4
4.42-40.143.613.3635217780.0210.04100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRPacking: 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MPU

1mpu


解像度: 1.63→40.13 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 1676 5.01 %
Rwork0.1887 --
obs0.1898 33467 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 50 126 2099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5152737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.68263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.680.26571300.24682563X-RAY DIFFRACTION96
1.68-1.730.28341400.23032617X-RAY DIFFRACTION98
1.73-1.790.25621320.22572619X-RAY DIFFRACTION98
1.79-1.870.2171320.20242624X-RAY DIFFRACTION98
1.87-1.950.22481450.20132617X-RAY DIFFRACTION98
1.95-2.050.20541590.1892631X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.180.24321370.1822645X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.350.20831220.18832657X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.590.21291270.1822667X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.960.22921450.19552696X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.730.20671450.1852704X-RAY DIFFRACTION100
3.73-40.130.1791620.17582751X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.74713.4970.51443.35311.48418.6160.02950.29160.0669-0.51040.12330.0124-0.2306-0.1014-0.25990.2344-0.01750.02490.14850.01830.1313.1991-4.35667.1697
26.0139-1.22761.56572.6697-0.55064.66570.09510.0909-0.2444-0.08430.0632-0.24740.1150.3122-0.11350.1316-0.01870.01030.1569-0.02320.143312.5943-8.948419.7321
36.3176-1.63780.67664.31750.33385.4344-0.0326-0.0930.33720.16080.02370.1039-0.4303-0.1862-0.03820.2274-0.01040.00860.13220.01160.1194.9973-0.494721.9672
45.5035-1.10090.60513.6704-0.41695.06960.1125-0.2132-0.07170.6104-0.0411-0.0196-0.2008-0.0116-0.08630.2339-0.0178-0.00110.1443-0.01550.08427.5568-5.705328.5623
54.4923-0.1959-0.9832.56581.48842.73550.0778-0.13410.62670.26190.094-0.0375-0.4985-0.0138-0.13880.4037-0.00880.00340.1766-0.02290.18776.81592.481231.4235
62.01151.3258-3.67410.32970.25844.6413-0.1385-0.9969-0.35280.73770.2135-0.15930.24260.6172-0.10890.562-0.0289-0.07130.5103-0.02930.335113.4606-7.381341.4495
74.9279-0.5053-0.68713.11621.27653.6769-0.0219-0.2501-0.15040.3950.0397-0.2008-0.07080.2288-0.03580.1808-0.0263-0.02580.1204-0.00030.14349.9274-8.03828.2352
86.27693.3203-2.20397.3072-2.45158.9331-0.1021-0.2564-0.0596-0.4376-0.0028-0.0004-0.31570.20620.08630.24630.05080.01820.15950.02180.2659-1.8166-5.37127.3522
95.87043.8806-3.06025.2169-3.88673.83520.1815-0.13320.49650.1712-0.01720.3937-0.2635-0.2549-0.19470.12860.01110.00780.1737-0.04880.266-10.7047-16.957315.3927
106.1506-0.3431-2.04044.6704-0.50345.06560.1159-0.0793-0.03-0.21640.0422-0.12570.22850.0492-0.13850.1311-0.0024-0.03410.0959-0.02910.1632-4.6415-24.037311.5191
119.3938-1.27392.28555.8673-0.59285.69980.04930.3958-0.6753-0.4302-0.11690.13220.45070.15680.02010.2931-0.0169-0.05480.1333-0.10470.2439-5.8846-33.27911.1358
125.6099-0.2157-1.12795.7507-0.62583.11370.099-0.0817-0.0109-0.06340.02560.07550.18770.0389-0.1250.1051-0.0172-0.02350.1403-0.03510.1043-7.3601-24.960915.8627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 92 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 168 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 169 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 188 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 189 through 215 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 92 through 103 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 104 through 130 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 131 through 169 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 170 through 188 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 189 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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